蘑菇常见的细菌性病害有黄菇病、腐烂病以及锈斑病等，仅凭肉眼很难区分其病菌种类，病菌通过覆土材料、工具、人体、废料等传播，在湿度大、通风不良时发病快。预防这类病害，应注意以下几点：①、对菇棚进行预防性用药。②、发病初期立即喷洒农用链霉素等杀菌剂，采掉病菇，加强通风。发病后1周内连续用药2次。③、发病率达50%时，加大光照、加强通风，采掉病菇并随手破坏料面，连续喷洒2－3次药物。④、发病严重时可用杀菌剂浸泡菌棒，之后重新码垛，加大通风量，最大限度地降低湿度，1周后即可恢复正常管理。
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