茶薪菇菌袋受杂菌污染后，营养基遭受破坏，严重时基质霉变发臭，菌丝解体，整批报废，致使菌袋成品率严重下降。常见污染菌袋的杂菌有绿色木霉、链孢霉、毛霉、曲霉、青霉、酵母菌等。
为防止茶树菇受杂菌污染应注意一下几点：
1、净化环境：严格按照无公害环境卫生条件消毒处理，培养室、冷却室应与原料仓库、菇房、配料场保持一定距离，周围环境应尽量清除污染源。对畜舍禽棚、化粪池、污水坑、垃圾场、废料堆等必须做好日常的卫生清洁和定期消毒。
2、原料把关：原料要求不霉烂变质。配方要按规定比例。培养料配制后要尽快装袋，间隔时间越长，越易引起杂菌污染。
3、彻底灭菌：高压灭菌以147.1千帕保持2小时，常压灭菌要求4小时内温度达到100℃后，持续不低于16~18小时的灭菌时间，中间不降温。
4、菌种纯化：菌种从母种到原种、再到栽培种的繁殖过程，都要严格执行无菌操作规程。认真检查质量，菌袋纯度达到100%方可使用。
5、严格操作：接种室、接种帐、接种工具、接种人员的手臂等都要严格消毒。接种动作要快，达到快解袋、快接种、快扎口。同一批菌袋未接完，人员不要进出接种室。
6、科学管理：发菌室干净清洁，做好消毒杀虫。菌袋摆放于菌室后，空间湿度不能超过70%,室温要控制在25℃左右，不超30℃，高温高湿易引起杂菌发作。加强通风和换气，注意避光。
7、及时处理：一旦发现杂菌污染，受污染的菌袋及时搬离培养室，无论污染面大小，一律淘汰，不得保留。
