食用菌菌种质量的好坏直接影响到产量和质量，做好菌种的保藏是确保食用菌增产的重要因素。
最常用的菌种保藏方法是利用冰箱保藏菌种，它具有简单、经济的优点，不仅具有良好的抑制菌种生长的作用，而且具有明显的延缓菌种老化的作用。
但在生产实践中，为了节约资金，降低成本，许多菇农常将菌种直接放在家用冰箱而不是专用冰箱内进行保藏。由于家用冰箱长期放有水果、饮料、肉蛋等食物，病原微生物可能乘虚而入，因此，在使用家用冰箱保藏菌种时应特别注意预防菌种感染。
要避免在菌种保藏过程中受到感染，认识和了解菌种感染的原因十分必要。家用冰箱虽然温度很低，不利于中高温型病菌生长繁殖，但低温型病菌依旧可以正常生长繁殖，而且少数中高温型病菌由于长期在冰箱的冷藏箱4-6℃的状态下生存，已逐渐适应了低温环境，与低温型病菌一道，成为食用菌菌种的感染源。同时，在将水果、饮料、食品等食物放入冰箱的同时，一些病原微生物也随之侵入，如果其中混有托兰斯假单胞杆菌，则易使平菇菌种产生锈斑病，平菇菌种在这样的环境下保藏时间越长，则锈斑病越严重。另外，冰箱的冷藏箱相对湿度较大，病原微生物非常容易生长繁殖，菌种被感染的机率也相应增大。
采取适当措施 预防菌种遭受感染
1、用固体石蜡密封保藏菌种
将棉塞与菌种试管口齐平，然后点燃蜡烛，用熔化的蜡烛滴在棉塞上，直至密封，冷却后放入冷藏箱。这样既可隔绝空气和水分，又可有效防止棉塞因潮湿而感染，最后导致菌种感染。
2、用塑料袋密封保藏菌种
将菌种试管、菌种瓶装入塑料袋内，然后将袋口扎紧，放入冷藏箱保藏。如果条件允许，可用抽真空器吸去袋内的空气，实现真空保藏，这样保藏效果更好。
3、定期对冰箱进行消毒
为清除冰箱内的污垢、异味和病原微生物，应定期对冰箱进行清洁、消毒。先用带有适量洗涤剂的毛巾清洗，然后用洁净的湿毛巾清洗，以清除污垢、异味和部分病原微生物。再用负氧离子发生器或紫外线杀菌灯进行彻底杀菌。因冰箱在保藏菌种的同时还用于冷藏水果、饮料和肉蛋等食物，所以切忌不能用甲醛、硫磺等类药物进行熏蒸消毒。
4、降低冰箱空间湿度
在冰箱的冷藏箱内放入适量干燥剂，以降低冷藏箱的相对湿度，减少或杜绝病原微生物的生长繁殖，抑制病原微生物对菌种的进一步危害。
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