在草菇栽培中，害虫的危害经常比杂菌的危害更大。防治效果的好坏直接影草菇产量的高低，危害严重是时，会导致绝收，下面介绍几种常见的虫害以及防治方法：
一、菇螨
菇螨也称菌虱、菌蜘蛛、螨虫，为害多种食用菌。螨类取食菌丝，使菌丝萎缩，甚至消失，造成栽培失败。常见的螨类有蒲螨、粉螨。由于菇螨虫体小， 肉眼不易看清，集中成团时呈粉状。培养料、老菇房、菌种等是螨类的重要传染源。
菇螨以预防为主，菇房尽可能远离仓库、饲料间、禽畜舍等，栽培原料在进行二次发酵，危害严重时，菇房在重新铺料前要用敌敌畏、杀螨醇等杀螨剂500倍液喷雾或熏蒸24小时，一旦发现体小呈扁平或椭圆形、白色或黄色、长有多根刚毛的菇螨时，要立即除螨。
二、菇蝇
在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0.5%敌敌畏喷杀；培养料进行二次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。
三、菌蚊
保持菇房干净，栽培场所应远离垃圾堆及腐烂物质，收获后的旧料应及早清除，严重时，出菇前或采菇后喷晶体敌百虫1000倍液进行防治。
四、线虫
培养料含水量严格控制在70%左右；进行二次发酵；栽培前，认真打扫卫生，通风干燥后，在墙面、地面、床架上喷晶体敌百虫1000倍液。
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