1、菌棒制作
选择优质原料，合理配方，严格控制菌棒含水量；要选择优质适龄菌种接种；使菌丝定植快，发菌室要严格消毒，接菌后适当通风增氧；严格控制发菌阶段的温度（25℃左右），避免高温“烧菌”.要注意选择可靠的原辅料，近期要注意石膏，现在发生较多的问题，碳酸钙冒石膏较多，香菇菌丝多不耐碱；不要选用发霉或添加不知成分的矿粉的麸皮；花菇配方里不宜用尿素等化肥。还有控制菌棒含水量，例如“135”品种一般在1.8kg每棒左右，“939”系列可以稍重。
2、选择良好养菌场所养菌场所
最好周围环境清洁（远离仓库、养殖场、酱曲场，垃圾场、厕所等），选择南北向的房间，冬暖夏凉，通风，经常做好消毒和灭虫工作，高温高湿期间，及时通风，降温排湿工作。堆码高度不超过6层；居室环境结构注意空气流通，但农村新建的复合套式结构房屋通风条件不如原先大通间，应当降低堆码密度。推荐发菌空间紧张的农户荫棚越夏。室外田间荫棚由于通风好、降温快，可有效减少烧菌情况发生，是一种较好的越夏方式。
3、刺孔增氧要适时适量
刺孔增氧是香菇花菇生产管理的关键措施，可以促进菌棒成熟，俗称“放气”.当菌丝走透，气温在25℃以下时，就应该有计划的进行分期分批刺孔增氧，保证花菇筒不受代谢升温的影响。高温时避免进行刺孔操作。另外要注意放气前后环境卫生，密切观察菇蚊等害虫动态，放气前预先消毒杀虫发菌室空间，保护菌棒。
4、进出菇棚后的管理
顶及四周要增加遮光，外覆草片遮荫网、黑白膜或反光膜等覆盖物，但棚四周不能覆盖普通塑料薄膜到底，以免造成棚内高温高湿闷热烧菌，荫棚要加厚搭高，有条件可以连续喷低温水（地下水、水库底层水）降温，四周可选用竹枝、树枝等有利通风的材料围成，提高通风效果，注意要降低室内棚内湿度。
5、加强对病虫害的控制
① 加强巡查，对已出现的受感染菌棒在早晩时间及时清理出菇棚，分类管理。
② 在接种和“放气”后的5——6天，培养室要定期用农用蚊香熏杀害虫，以防成虫钻入菇筒，造成交叉感染。
③ 堆放菇筒的地面要用石灰粉或杀虫剂喷洒处理，防止滋生线虫和螨类危害菇筒。
6 、烂袋的处理烂袋一旦发生，应立即进行隔离处理。
当菇筒出黄水过多，应用消毒的竹签将菇筒刺破，让黄水排干。若菇筒局部出现污染与烂袋，应及时刮去烂袋部位的培养料，用石灰粉或浆涂抹、霉斑净等药剂消毒处理，控制受害部位的扩展。重度发生的要灭菌后开袋晒干培养料，或堆制沤肥处理，以及每年的废菌袋，包括出菇结束后的培养料，不能乱倒，应该晒干后作燃料，或经沼气转换后，即无害化处理后作肥料。以免病虫发生交叉感染，降低病虫的发生基数，从而减轻其危害。
7、出菇阶段的菌棒，菇棚管理同前面发菌阶段，可以减低湿度，暂时休眠管理，定期喷水保护菌丝，等气温下降时再进行出菇管理。
