驯化育种也称人工选择（淘汰法），是以食用菌在自然界中的变异为基础，选育高产优质菌株的方法。我国的金针茹资源丰富，东西南北均有分布，地方品种不少。要获得优良的栽培品种，首先要收集不同地区、不同的树木、不同的季节采集到的野生金针茹，然后进行组织分离或孢子分离，得到尽可能多的野生金针茹菌株。再把这些野生菌株，放在相同培养基和相同条件下进行栽培试验，根据菌盖大小、色泽、菌柄粗细、茹蕾多少、绒毛有无、产量高低、生育期长短，抗病力强弱筛选出符合要求的菌株，淘汰掉产量低、质量差的菌株。
筛选出来的野生菌株经过不断的人工选择，改变部分特性，就可以逐渐变成栽培品种。如我国第一个自选定型的“三明1号”优良菌株，其原始菌株就是1974年春在三明市洋山枯枝上分离的野生菌株。第一次栽培时，产量极低，每并仅20g左右，柄长5~9cm，参差不齐，基部深褐色。经过不断的驯化选育而育成的“三明1号”菌株，不但生物学效率可达80%，而且子实体色泽比原来的野生菌株浅，菌盖也小，菌柄长10~15cm，直径0.3~0.4cm，基部金黄至浅褐色，绒毛少。在适宜的栽培条件下，如气温10℃以下和黑暗的环境下生产，产品可符合制罐金针茹的品质要求。
继“三明1号”菌株育成之后，我国的上海、山西、河北、贵州、江苏、山东、云南等省、直辖市也相继驯化出本地的野生金针茹优良菌株。野生育成的菌株大多表现为菌盖较大、菌柄粗壮、色泽深褐、绒毛较多、抗病力强、生物学效率较高，而且子实体脆嫩，味道与野生茹一样鲜美。
