在金针菇生产中制种及栽培料上常发生杂菌污染，轻则减产，重则绝收。常见的杂菌有细菌、醒母菌和霉菌，防治措施：
1、制种严把无菌关: （1）原种不带杂菌;(2) 培养基(料) 及接种用具要彻底灭菌，(3) 接种过程要严格无菌操作。
2、选用抗递性强的菌株。使用菌龄，生活力强，长势旺盛的优质母种和原种，以使接种后尽快形成优质，抵制杂菌浸染。
3、培养料要新鲜、无霉变。做到当天配料，当天装袋(瓶) 灭菌，尤其在高温的季节，更要及时灭菌。
4、培养科中添加1%多菌灵混合使用，可提高防治效果。
5、常规用具要定期彻底消毒。消毒时用不同药剂交替使用，以互相弥补并增加杀菌效果。
6、环境要保持卫生。接种室(箱) 和菇房灭菌要彻底，出菇场地管理人员进入菇房前要换洁诤衣物鞋帽以防带入杂菌、造成污染。
7、搞好管理。高温、高湿和通风不食是杂菌滋生和莞延的最好条件，因此，气温高时要适当降低菇房湿度，一般控制在80%-9%左右，如果湿度太高: 根腐病、木霉等病害会迅速发生要处理好保湿与通风换气的矛盾，以防杂菌的侵染和蔓延。一旦发现有污染的菌袭要及时清除，以防扩散到整个菇房。对细菌性褐斑病初期可进行隔离，后用漂百粉水溶液喷雾处理。
