侵染性病害一旦在食用菌的子实体上发生，整株子实体的商品价值就完全丧失。由于菇房的高温高湿环境和每日必需的喷水管理，使病害的传播蔓延大大快于绿色作物。经菇农的实践证明，食用菌病害的防治应遵守以下五个原则：
一、防治贯穿栽培始终
在整个栽培过程中，特别要注意温度和湿度的控制，加强通风，抑制病原菌的生长和侵染，同时注意用具的消毒，并创造一个洁净的生长环境。
二、以培养料和覆土的处理为重点
食用菌各种病害的病原菌大多存在于培养料和覆土材料中，是食用菌病害的最初侵染源，因此，除进行发酵料栽培外，尤其是在发病区或老菇棚，应尽量进行熟料栽培。在平菇的栽培实践中，近几年黄斑病普遍发生，且有严重发展的趋势，但熟料栽培的基本没有造成危害。
三、狠抓场所和环境消毒
不少病原菌自然存在于土壤表面、空气和各种有机体上，特别是老菇房的内壁和床架，会留有前一生产季存留下来的病原菌。环境和场所消毒最简单和经济的方法是阳光下暴晒，可将菇棚盖顶掀起，先晒地面，然后深翻，再暴晒。甲醛、过氧乙酸、硫黄、漂白粉等也是很好的环境消毒剂，且无污染。
四、及早施药处理
出菇期病害一旦发生，要及早处理，如清除病菇、处理病灶、喷洒杀菌剂等。若处理不成时，很易造成病害流行，难以控制。
五、先采菇后施药
药物防治时，若不先行采菇，药剂很容易污染菇体，并造成大量残留。因此，药剂防治时，必须做到先采菇，后施药，施药后菇房采取偏干管理，抑制子实体原基形成。目前使用的杀菌剂残留期一般在14天左右，多数食用菌子实体从原基形成至成熟采收需7天左右，因此，施药后需8天才可出菇。
