生态防治是指通过控制培养过程中的生态环境条件，创造适宜鸡腿菇菌丝和子实体健壮生长的环境条件，而不利于各种病虫害繁殖，从而实现防治病虫害的目的。
鸡腿菇病虫害生态防治的主要措施有：①搞好生产区的环境卫生，减少环境中各种病虫危害源;②选取优质的生产原材料，从原料关口杜绝病虫的入侵;③严格规范生产环节的技术规程，减少病虫从生产环节的入侵 ;④科学调控生产过程的环境条件，促进鸡腿菇旺盛生长，减少病虫发生机率。
菌丝生长期各类杂菌的防治
在鸡腿菇菌丝生长期，常见的杂菌有：细菌、放线菌、酵母菌和真菌等。 细菌、酵母菌在以麦粒为基质的菌种上易发生,而放线菌和真菌常在以棉子壳、玉米心等栽培原料的培养基上发生。常见的“绿霉”、“红霉”、“黄霉”、“黑霉”即是真菌一类的病原微生物，主要有木霉、曲霉、毛霉、根霉、链孢霉等。
防治方法：①配制栽培原料时防止原料营养过于丰富;②选用高质量的无毒塑料袋;③培养基彻底灭菌;④选择优质无病的菌种;⑤接种作业规范化;⑥培育活力旺盛的菌丝。
生产中各种虫害的防治
对鸡腿菇生产构成危害的害虫主要有菇蚊类、菇蝇类、线虫类、螨类、鼠类等。
防治方法：①选用优质菌种，防止菌种带虫;②场地进行灭虫处理;③覆土进行杀虫处理;④出菇场地做好防护工作，防止外界虫源进入;⑤采用灯光诱杀、毒饵诱杀;⑥根据害虫的种类采取相应的低毒农药防治。如菇蚊类害虫可用高效氯氰菊酯3000倍溶液喷洒，螨类害虫用1000倍的哒螨灵防治。
