灵芝母种制备常采用组织分离法获得纯正的母种。选取尚未木栓质化的幼嫩组织。在无菌条件下，取灵芝组织块放在0.1%升汞溶液内进行表面灭菌，处理2分钟，再用无菌水冲洗，用无菌纱布擦干。用解剖刀削去子实体的外部皮壳，将菌肉切成小块，接种在斜面培养基中，放在黑暗条件下，医|学教育网搜集整理经10天菌丝可长满试管，即为纯正的母种。可用以扩大培养转接原种。春栽5月中下旬栽培接种，4月中下旬制原种；秋栽8月栽培接种，7月制原种。段木接种一般在春季4月进行。
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