幼菇不分化原因有两方面:第一，棚温偏低，不适合幼蕾发育分化，处理方法：通过提高棚温即可解决；第二，药物影响，有的菇农使用大量农药拌料，发菌期间也喷洒农药，以防发生病害，结果使菌袋内废气重，对菌丝发生抑制。处理方法：将料面破坏后，喷施6%石灰水溶液，每天两遍，连续2～3天，静养发菌，待再次现蕾时，即可正常管理；如果使用的药物浓度较高，则需采取石灰水浸泡菌袋的办法予以解决。
幼菇长速慢原因是棚温过低，或所选菌株不适合当下的温度。处理方法：提高棚温，第一，安装大棚水温空调器，温度随意可调，即使选用了中高温型菌株，也可正常出菇；第二：安装土暖气，注意要点是烟囱一定要顺畅,并要保持足量的进风，以免棚内氧气不足；第三，晒棚,在棚内顶部拉设黑色塑膜或高密度遮阳网，卷起草苫，棚内进热不进光，效果不错，但是，雨雪天气则无法增温。有低压炉的栽培户，可将“小白龙”在棚内靠墙安放一圈，最后接到锅炉上，烧开后的蒸汽源源不断的输送到塑管，给菇棚加温，效果很好。如果是中高温型菌株，又无力升温，则可降温、降湿，待气温回升时再行出菇。
菌盖毛刺菌盖上出现一些疙疙瘩瘩的菌肉组织，很是影响菇品质量，主要原因是棚温低，或菌株不是真正的低温型，如2006等菌株，即使0℃以下也不会发生毛刺等畸形菇，这才是真正的低温菌株，处理方法：增温保温。
菜花疙瘩、粗菌柄前者是菇蕾不分化，后者是菌盖组织不分化，主要原因是棚内二氧化碳浓度高、氧气供应不足所致。处理方法：强化通风。
菌盖上翘喇叭状主要原因有药物作用、通气不良、菌株种性退化或菌株的温型与该时段条件不符合。处理方法：如果是基料中有化学药物，可参考“幼菇不分化”的处理方法；通气不良时，应在晴好天气的中午时段进行通风；种性退化则无法可治，菌株温型不适合该季节，可采取升高棚温的办法解决。
气生菌丝非常旺盛主要原因就是碳氮比失调、氮元素过多，处理方法：对料面喷洒浓度为5%左右的石灰水，或者用石灰水浸泡菌袋，分解氮元素，使之尽快达到可同化水平，同时加强或强化通风，使气生菌丝尽快倒伏，扭结现蕾；以后的生产中，应注意调配基料营养，使之全面均衡，尤其应加入三维精素，才能避免该类现象的发生。
厚菌皮基本原因与上相同，只是发生时间更长而已。
不出菇主要原因除基料营养的不均衡和碳氮比失调以外，还有菌株的温型不符合现阶段温度等原因，此外，基料中含有不明物质尤其是农药类，对菌丝产生抑制，导致不出菇。处理方法：参考上述使用石灰水溶液进行处理。
子实体基部有“菌毛”发生，菇品显得不周正，商品质量低下主要原因是基部有“菌毛”，就是白色的菌丝，有的是因为通气不良、湿度较高，食用菌长出的气生菌丝，有的则是真菌性感染，前期表现为菌丝状，一旦温度上升，就会发展为病害，如褐腐病等即为该种表现。处理方法：清理料面后，喷洒400倍左右的百病傻溶液，降低湿度，观察一周左右不再发展，即可转为正常管理。
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