一、培养料灭菌彻底
食用菌病虫害预防要从培养料开始着手，木腐菌类病虫害的预防应建立在灭菌彻底的基础之上，草腐菌类病虫害的预防应建立在后发酵成熟技术的基础之上。培养料中有大量病原菌，高压灭菌时需注意充分排走冷空气。灭菌要以培养料温度达到121℃为基准，至少保持60 min。瓶栽要避免盖子松动或透气膜过于透气；袋栽则应避免使用劣质塑料袋，以防出现砂眼、细裂纹，否则培养料冷却时易吸入杂菌弛子。
二、菌种无污染
菌种是食用菌生产的关健因素，引进菌种或自繁菌种都需要检测确认其未受到杂菌和病毒污染。霉菌和细菌污染可通过感官观察菌种外观和显微观察菌丝体，其中细菌污染可以通过液体培养进行检测（观察培养基是否出现混浊），病毒可通过菌丝培养、子实体生长等过程进行确认。菌种生产要在超净工作台或层流罩中进行无菌接种操作。充分检査各级菌种生长过程，二级种（原种）和三级种（栽培种）的培养过程中必须检査2次以上。菌种瓶使用前必须要开盖检査确认无杂菌污染，而且瓶口附近的菌种块要挖走弃用（可能潜伏有杂菌抱子）。
三、空气过滤和流通
室外空气中散布着大量的病原微生物，通过物理过滤能够防止微生物进入菇场的敏感区域。在菇房进气口安装空气过滤装置，可减少通风换气时杂菌砲子或害虫的侵入。在空气过滤器两侧可安装压力感应器，并监控前后压力差异以确认过滤器是否被脏物堵塞（压力差过大）。定期清洗替换初效、中效过滤器，更换高效过滤器的滤芯。菇房中保持正压有利于防止杂菌泡子侵入，虽然会引起室内杂菌砲子从压力区扩散到菇房内其他地方，但可以通过维持不同区域的空气压力梯度以控制空气流向叫如接种室保持正压，接种时室内空气可流向室外。菇蝇会被食用菌菌丝和子实体的香味吸引而侵入菇房，并产卵繁殖。因此需要在培养室和出菇房的门窗和换气窗口处安装过滤器或细眼纱窗（网眼直径小于 0.3 mm）,防止菇蝇、菇蚊等害虫侵入。平时菇房的门必须保持关闭，人员出入后要立即关门。
四、进门消毒换装
人员进入菇房内部，需要先踏进消毒池，避免病原菌通过鞋子传播。消毒池要确保有足够的消毒液，且摆放的位置应该便于人员使用。叉车、手推车等运输工具的车轮需消毒，可以在菇房入口处放 1块浸满消毒剂，且长度足够轮子滚动1圈的吸水布代替消毒池叫消毒液交替使用不同的消毒剂进行配制，防止产生抗药性。不同的工作区域，应有不同的消毒换装要求。一般区域，要求工作人员更换工作服，戴上口罩、帽、手套；洁净区域，要求二次 更衣，换上专用洁净服并进行风淋除菌，每天应更换洁净服并清洗消毒。
