在装袋码垛完成后，就开始进行闭光发菌，正常条件下发菌的时间大约在30天左右。在发菌期的温度要求在24-28摄氏度之间。空气相对湿度在65%。
在发菌期，如果温度低，就要把草苫揭开增加温度。但由于发菌期要闭光，所以要用布把菌袋都盖上。如果温度超过30摄氏度，就要及时通风，降低温度。
发菌期间要保证有足够的氧气，也要保证湿度，所以通风量不要过大。通风口适当打开，保持空气流动就可以了。
在发菌的过程中常见的情况有这几种：
有的菌袋虽然没长严，但是属于健康袋，可以看到菌种齐刷刷的向前长，并且发菌的菌种上有黄色的小珠，这是属于正常袋。
有些菌袋也是属于健康袋，但是它的温度过低，边缘呈鸡爪子型，菌种（丝）分叉向前长，这种情况倒一下垛，把上面的倒到底下去，再用布袋和或者塑料盖上就好了。
还有些菌袋，菌丝不长了，为啥不长了呢？因为菌丝粘到塑料袋上了，不长了。它是温度高造成的，怎么避免呢？如果温度高了，及时倒垛降温，再一个及时扎眼放风，就能恢复它正常生长。
在发菌的过程中，可能不是百分之百的成功，有些袋子会起绿霉菌，这是为什么呢？第一，它是菌种带来的污染。第二，一冷一热造成的起绿霉，如果已经全部起绿霉了，就只能把它扔掉了。
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