有机榛蘑菌丝生活力很强，生长速度快，而且具有抗杂菌能力。所以在制种与栽培过程中，菌丝发育阶段管理得好，后期就不容易感染杂菌。甚至染了杂菌也照样还能长菇。但是，在开放式生料栽培中培养料本身就陷藏着各种杂菌孢子，若在环境因子不适合有机榛蘑菌丝旺盛生长的情况下，其优势则不再存在而杂菌容易泛滥成灾。引起杂菌感染的重要环境因子是温度和湿度。榛蘑菌丝生长的温度范围对所有霉菌也都适合，只是霉菌最合适的温度和湿度略高些，因此，在菌丝培养阶段，稍微疏忽温度上升至28—30℃以上，若湿度也大，杂菌就猖獗起来。而且虫卵也纷纷孵化，螨类也随之而来，病虫害一旦蔓延之后就难以驱除，另外，有机榛蘑对敌敌畏极为敏感，低浓度的敌敌畏都会致使小菇蕾枯死。由于不能轻易用药，只能以防为主，避免病虫害发生。一旦发生，则采用生态防治、生物防治和化学防治三者结合的综合措施来控制蔓延。
(1)控制主要的环境因子：针对温度、湿度是引起病虫害的主要原因，所以栽培过程中要采取相应预防措施。
①温度：根据各气候条件，掌握各地区各品种的安全播种季节。如果人工控温下栽培时，室温不宜超过22℃。料温不超过25℃。
②湿度：培养料含水量控制在60—65%之间。菌丝生长阶段的空气相对湿度控制在70%左右。
(2)杂菌的预防：①培养料要新鲜，无霉烂变质，配料前先暴晒1—2天。②每次栽培前培养室及用具都要清洗、熏蒸。③生料栽培时，培养料尽量少加或不加有机氮源和糖类物质。④菌种量要大，加速菌丝生长速度，优先占领养料，即制其它杂菌繁殖。⑤注意防鼠堵塞鼠洞。
(3)常见杂菌及其防治
栽培有机榛蘑时常见的杂菌有木霉、青霉、曲霉、脉孢霉、根霉、枝孢霉、粘菌、鬼伞类以及酵母等。在开放式栽培中，发现杂菌可用石灰粉遮盖污染部位;封闭式栽培中可用注射器或滴管将杀菌药液按比例稀释后注射或谪到污染部位。常见的杀菌剂有高锰酸钾一千倍液、甲基托布津一千倍液;多菌灵(含量50%)一千倍液，含量25%的五百倍液等。
(4)虫害防治：有机榛蘑栽培时常见的害虫有：线虫、螨类、蚋、鼠、蚁、蛞蝓、蜗牛、马陆、果蝇、菇蚊等。药剂防治可用2.5%溴氰菊脂乳剂二千五百倍液喷雾;用灯光和糖醋液诱杀蝇类;骨头烤香诱杀螨、蚁类;用盐杀蜗牛、蛞蝓等。(有机食品网）
