野生有机木耳依采集时期的不同分为春耳、伏耳和秋耳。小暑前采收的为春耳，朵大肉厚，质量好，应采大留小，雨后则采差留好。自小暑到立秋采收的为伏耳，因气温高、雨水多、害虫多，容易造成流耳、烂耳，应大小一起采收。立秋后为秋耳，朵小肉薄。
采摘最好是在雨后天晴，或在晴天早晨有露水，有机木耳处于湿润状态时进行。采收回来的湿耳，要及时晒干或烘干。天晴时可将有机木耳薄薄地摊在晒席上，晒1～2天。阴雨天可在室内搭架，生火烘烤，但温度不宜太高，保持在30℃左右，促使有机木耳干燥。
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