原种和生产种的培养料多是自然基质。菌种保藏的目的是保存菌种的生活力，菌种不受污染。常用的方法是降低菌种生活环境的温度，以减慢菌种的代谢速度，延缓衰老。自然基质营养丰富，容易吸水受潮，因此在制种时培养料适当减少水分，注意保持瓶子的棉花塞和包扎的牛皮纸的干燥也是很重要的。原种多以麦粒、木屑、草粪粉、小木块等为基质，使用量相对生产种少。可以有计划地安排一部分制成20×200毫米的试管种。装料要松紧适合。菌种生长饱满健壮，然后换上已灭菌的胶塞，并用蜜蜡封口。可放入冰箱摄氏4—15度保存3—6个月。短期内使用的用750毫升的菌种瓶制作的原种，可与生产种一起放在干净、通风、凉爽、黑暗的场所内。这些菌种最好在摄氏4—15度室温保藏一个月。高温菌如草菇以摄氏18度为宜，最好不超过20天。
生产种在很短时间内使用，因此保藏温度不宜过低，否则播种后菌丝体的适应期延长，菌丝发生慢、生势弱，造成杂菌入侵的机会，也影响栽培周期，对生产是不利的。
由于原种、生产种使用量大，适龄菌种时间短的特点，所以在制种时要有计划安排，尽量做到适龄使用，保持菌种活力，不积压，有利高产栽培。及时使用菌种，可减少人力、物力的损耗，降低生产成本，提高生产效益。
因为正常使用的原种、生产种保存温度较高，一些适温性较强的微生物如青霉等，仍是生活很活跃的。为了减少污染源也有利菌种保藏，应设置一个菌种保藏的周转使用房，使每个菌种保藏室做到定期清理，消毒杀菌，通风换气，才有利菌种的保藏。
