一、改善生态环境
栽培棚要设在靠近河流、空气流通、四周宽阔又远离畜禽饲养场、酿造厂及居民生活区、医院（距离至少在3000米以上）的地方。场地采取翻土、日晒、灌水等措施，取代农药消毒，水源水质要保持清洁无污染，严禁用污水喷菇、浸洗。
二、用生物和物理技术防治病虫鼠害
配制培养料时可采用植物抑毒剂和植物农药，如紫苏、除虫菊、菜子饼，均可制成植物农药杀虫、治螨；利用天敌灭害，如养猫治鼠。可采用壮菇抑虫的方法，从菌种选育、培养料配比、堆料发酵、接种发菌、出菇管理各个环节严格把关，培育健壮的菇体，增强其抗逆力，减少病虫害。还可采取特异性菇类间作等方法，如菇、荪轮作，防治病虫害。
接种室、发酵室、超净工作台等采用30瓦的紫外线灯照射、消毒杀菌；也可采用电子臭氧灭菌器消毒杀菌。菇棚可采用黑光灯诱杀菇蚊、苍蝇等昆虫。菇棚的进出口及通风口要安装防虫网或纱窗等。
三、科学用药
在确需使用化学农药时，必须选用高效、低毒、低残留的药剂，如敌百虫、克螨特、锐劲特、甲基托布津、甲霜灵等。用药应在没出菇或每批菇采收后进行，并注意少量、局部使用，严禁在菇类生长期间喷洒农药，禁止使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺硫磷、杀虫脒、氧化乐果、毒杀酚等高毒、高残留农药。
四、把好产品加工关
食用菌产品常因加工引起含硫量超标，为此，必须全面推广精密度高的机械进行脱水烘干。银耳要采用白色菌株，运用新科技改变银耳熏磺加工环节，优化产品质量。菇品包装必须符合国家卫生标准。
