黑木耳生产中无论是制种还是制作栽培菌袋，污染率的高低都将直接影响着耳农的经济效益。杂菌的污染是由于外界微生物入侵而导致的结果。在目前，由于菇农生产食用菌的设备还比较简陋，造成的污染途径很多，减少污染主要靠人们认真操作，把好各个无菌操作技术环节。但有的环节是可以通过人为操作来达到降低污染率，有的环节却是生产工艺和设备本身造成的，只有靠工艺改革、设备改造更新来解决。造成污染后，人们不仅要及时观察鉴别出污染物，保证菌种、菌袋是纯培养的，而且要客观总结造成污染的原因，采取相应的补救措施，挽救损失。这样才有利于制种、制袋成本的降低和技术操作水平的提高。
造成污染的主要因素有如下几点：
1、用于扩大繁殖的菌种本身就不是纯培养物
无论是制种（包括一级种、二级种、三级种），还是制作菌袋，都要使用纯种接种培养，用于繁殖扩大的菌种本身若是已污染的菌种，繁殖扩大到新的培养环境中必然造成新的污染。
其表现特点：污染常常发生在接种块之中或周围，污染往往是小批量的，污染杂菌种类与菌种污染种类相一致。
防止措施：
对于此类污染主要依靠严格控制菌种生产条件和严格检查菌种质量来克服，从琼脂培养基的试管种就开始进行质量检查。以天然固体培养基培养时更要注意细菌污染和防止杂菌菌丝被黑木耳菌丝所覆盖。同时菌种生产场所与生产场所相隔开。
2、工艺不合理 设备过于简陋
黑木耳熟料栽培都要经过常压或高压灭菌，使培养基达到无菌后再接种纯培养。但目前制种、制袋每个环节的设备是分散的，不能形成一个流水作业线，且灭菌、冷却、接种环境均难达到基本无菌要求，容易造成无菌培养基重新污染，浪费大量人力和燃料。特别是培养基灭菌后的冷却过程，随着温度的降低，气体体积缩小，造成瓶（袋）内气压降低，冷却室空间的杂菌不仅附着在菌瓶（袋）表面，而且随着瓶（袋）内外气压的动态平衡而进入瓶内或袋内而污染。当棉塞受潮或菌袋破损时，污染的机会会更多。凭着经验而采取一些药物消毒、操作时间选择、冷却时门窗的控制等措施虽然对降低污染率有一些作用，但不能从根本上克服污染率高的问题，用这种粗放的工艺和简陋的设备进行大规模的生产必然会造成重大污染损失。
其表现特点：污染杂菌的部位、种类无规律性。
防止方法：
提倡规模生产，具有微生物传播规律的合理规范的生产工艺，根据微生物传播规律和流水作业规程来规划设计，原料加工、储存、制作为有菌区，菌袋培养为无菌区，提倡采用双门灭菌设备将有菌区和无菌区分开；冷却室和接种室配有空气过滤设备，使用高效低毒空间消毒药剂。
3、培养基灭菌不彻底
无论是常压灭菌还是高压灭菌，如果同一批灭菌的培养基中大多数或全部污染，且杂菌种类多样。
其表现特点：在培养基上中下各部位均出现杂菌，那么这种现象标志着可能是灭菌不彻底造成的缘故。
防止方法：菌袋堆叠方式应有利于灭菌容器内蒸汽的畅通，防止灭菌容器内“死角”的产生；高压灭菌时应排净冷凝水，预防造成假压；灭菌操作严格按操作规程进行。
4、操作不慎造成的污染
操作技术包括灭菌操作、灭菌后无菌处理，接种过程无菌操作、接种后的培养条件控制等。
表现特点：操作不慎造成的污染，杂菌不仅在接种块周围，还常在培养料的表面，呈花花点点，不一定集中一处，且有断断续续污染的现象。
防止方法：
①、不使棉塞受潮。高压灭菌，菌瓶（袋）排列时，有棉塞的一端朝内，不靠锅壁，预先夹层预热，进气由小到大，灭菌结束时，让其自然冷却，锅门微开，让余热使棉塞上的水汽蒸发，如一次大开锅门，冷空气大量进入锅内，不仅有杂菌空气污染菌袋表面，而且棉塞易潮湿而感染杂菌。
②、接种室或接种箱使用前必须严格消毒。
③、接种过程要严格无菌操作，进入接种室后要少走动、少说话。特别要注意要在火焰上方接种；拔出棉塞时不要用力直线上拔，应当旋转式拔出，避免造成瓶内空气负压，外界空气突然进入；棉塞潮湿应更换灭菌过的干燥棉塞，接种时要将瓶口朝下，特别在取出棉塞后瓶口一定要朝下，接种移动过程接种工具和接种块在火焰上方无接触过程接种；菌袋接种时应做好菌种接种前的处理工作。
5、培养环境造成的污染
表现特点：接种后菌种或菌袋污染率低，随着时间推移污染率逐渐增高。
克服办法：选择清洁、干燥、通风的场所作为培养场所，并远离杂菌污染源；防止人为何老鼠、蟑螂等危害菌袋，要及时更换受潮的棉塞。
