1、关于虫害的问题：在猪苓栽培的段木上发生了各类不同的虫害，据分析，大多是螨类以及马陆等害虫在作怪，防治办法很简单，使用辛硫磷药物，按说明的最低浓度配对后浇入栽培堆即可，一般为1000倍左右，此后注意预防，比如清理周围环境、断绝虫源等，也可每3～7天对周围喷洒一次杀虫药物，即可预防和切断害虫来源渠道。
2、关于段木发生杂菌的问题：段木由于速效营养较低，一般杂菌不易对其形成侵袭，但当栽培半年左右，段木长期在无光、潮湿的环境中，也是很容易遭到杂菌侵袭的，一般多为木腐菌类杂菌，即真菌，预防措施为选择优质菌种、掌握合适的水分、温度等条件使蜜环菌健康生长，并尽快与猪苓密切接触，形成良好的共生关系，但是，一旦发生杂菌，可将菌材涂刷100倍左右消毒王溶液，然后即可照常管理。
3、关于猪苓消失的问题：打开栽培堆，找不到猪苓的大菌核，甚至连小菌核也没有，这就是所谓“猪苓消失”。原因有三：一是无性栽培用的猪苓(菌核)种有问题，或者感染病毒病菌、或者失去活性，被蜜环菌“吃掉”；有的可能是有性栽培用的猪苓菌种老化、退化，或者在运输途中受热等不适条件失活，导致栽培后其营养被蜜环菌吸收殆尽；二是蜜环菌菌材属于多代培养，本身没有供应营养的能力，使猪苓没有营养来源而消失，或者有性栽培用的蜜环菌种老化退化引起的抗性低，无法给猪苓进行营养供给；第三，如果猪苓种和蜜环菌种没有问题，笔者认为，很大程度上，就是管理不当，如水分问题，蜜环菌可以在水中正常生长，而猪苓则要求土壤含水率在30%～40%，水分稍大，猪苓因通气不足而不能从蜜环菌菌索上吸收营养，水分过大，猪苓因通气不足而失去活性，这时，蜜环菌菌索就会很自然地从猪苓菌核中吸收营养，最后导致猪苓的“消失”。一般可以安排半个月左右浇水一次即可满足猪苓对水的需要。
4、关于生长速度慢的问题：猪苓属于长周期生物，一般需要三年左右才能长成，栽培半年时间，猪苓跟小块生姜差不多大，属于正常情况。一般条件下，蜜环菌菌索需要大约两个月左右时间才能与猪苓密切接触，此后还要经历一个营养与反营养的阶段，然后才能进入正常供应阶段，半年时间能够长成小块生姜大小，此后还有两年多时间，一般单块重量可达250克以上。
5、关于温度问题：猪苓的正常生长温度，在14～28℃之间，达到30℃以后，就会自动进入生理休眠期，所以夏季管理，更应当心。尽快在栽培堆上覆盖树叶、杂草或草苫等，给猪苓创造一个舒适的生长环境，是获得高产的有效措施。
