木耳在贮藏期常受多种害虫侵害。因此我们应遵循预防为主，综合防虫的原则防治虫害。
一、杜绝虫源：危害木耳的害虫有长角谷盗、白蚁、谷蛾等。常常在仓库缝隙、杂物、包装物等处越冬。因此在贮藏木耳前，应清除室内杂物和室外杂草，并用80%敌敌畏乳油进行空仓消毒，一般按每平方米0.2克-0.3克，用纱布条浸药液挂于室内，密闭2天-3天，然后通风1天，即可装木耳入仓，最后在仓库周围撒施石灰粉，防止室外害虫进入室内。
二、防止受潮：木耳受潮后，极易导致虫害，因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12%，再装入塑料袋或铝罐中，密封后置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内，箱内可放入干燥剂如干木屑、生石灰等。每隔10天-15天检查一次，若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后再放入箱内，若木耳回潮，应及时重新干制。
三、及时杀虫：如果贮藏期间发现害虫，应采取措施及时杀除。一是将木耳在强光下曝晒1天或休用烘干机在50℃左右经40分钟即可杀灭害虫；二是密封仓库持续20天以上可全部杀死害虫；三是在仓库采取抽出氧气流入氮气，或向室内灌注二氧化碳气体等使室内含氧量降至2%以下，经2天，害虫窒息而死，此法防虫害可达100%。
四、闭仓熏蒸：在木耳贮藏害虫大量发生时，应采用熏蒸剂对仓库密封熏蒸，此法短期内见效明显，常采用的熏蒸剂为磷化铝，一般每立方米空间用6克-9克，分散放于仓内，12℃以上密闭96小时，熏蒸结束后通风散气10天以上即可。
