培育菌种要提前70天开始制种。杏鲍菇优良菌种的标准是“纯、正、壮、润、香”五字。“纯”是菌种纯度高，不污染杂菌，无变异和含有其他菌类：“正”是菌丝色泽洁白如丝，有光泽，无异色斑块；“壮”是菌丝粗壮，分枝多而密，生长旺盛；“润”是指培养基湿润适度，于瓶壁紧贴不干缩、不吐黄水，含水量适宜；“香”是具有愉快的杏仁香味。
杏鲍菇培育菌种包括以下几个程序：
①母种，培养基配方为马铃薯200克、白糖20克、琼脂20克、磷酸二氢钾2克、水1000毫升，PH值自然，按常规法制作。
②原种，常见的培养基有麦粒培养基、棉子壳培养基、木屑培养基等。现以麦粒培养基为例：配方是小麦98公斤、碳酸钙2公斤。选麦皮略厚些的小麦，加水浸泡4—5小时，捞取放入锅中加水煮沸20—25分钟，以煮至没有“白心”为度，捞出沥干多余的水分，再与碳酸钙混匀装瓶，高压灭菌2—2.5小时，并按常规方法接种，于25℃培养25—30天，菌丝走满瓶。
③栽培种，直接用于栽培袋制作的菌种，其培养基与原种一样，可以采用麦粒培养基、棉子壳培养基、木屑培养基或其他培养基。棉子壳培养基配方：棉子壳78%、麦皮20%、蔗糖1%、石膏粉1%；木屑培养基配方是：阔叶树杂木屑78%、麸皮20%、蔗糖1%、石膏粉1%。以上两种配方的培养基经过高压灭菌（2—2.5小时）或常压灭菌保持10小时。常规接种培养，在25℃左右下培养35—45天，待菌丝走满即可用于生产。
