食用菌菌丝拮抗法是食用菌菌种区别性鉴定的一种初步方法。因操作简便，用时较短，通常使用平板菌丝拮抗法。但不同种类食用菌的菌丝生长特性差异表现较大，带来对拮抗表现（隆起、隔离、沟槽等）的感官尺度难以把握，需要相关的专业知识和经验。
方法：将待鉴定菌株制作培养成相同规格的菌袋（二级种、栽培种、栽培袋均可），在无菌操作下，把供试菌袋的同一头用消毒小刀割去塑料袋并刮平料面，再将菌袋断面两两贴紧对接用相适的套袋套好（保持菌袋紧贴而不错位）放于适宜环境下遮光培养。
区组：两个菌株拮抗设为三组，每个菌株各自对接为两个对照组，菌株之间对接为测试组，每组3个重复。
鉴别：将各区组在适宜条件下培养15～30d（时间以单袋在相同条件下菌丝满袋时间的一半），脱去塑料袋，观察对照组与测试组菌袋接触面外围菌丝表现，手握两端轻掰菌袋查看接触面是否断开。若测试组接触面外围菌丝明显隆起，有隔离沟槽，变色、萎缩、吐水珠，用手轻掰就分开，而对照组与此表现相反，可鉴定为不同菌株；若测试组与对照组表现完全一样，可鉴定为同一菌株。
虽然拮抗法耗时较长，不能制袋的菌株无法鉴别。但由于培养基质较多，菌丝量较大，拮抗表现非常明显，易于观察判断，同时可以使用外力检测菌丝之间的融合程度，便于量化，使检测更具科学性和准确性。
