菌种质量鉴定要从菌种的纯度、长势、菌龄、色泽、均匀度、出菇快慢、菇的质量、产量等方面进行。
从外观观察,要求菌丝体生长健壮、均匀、菌丝体从菌种块发出,渐向瓶底伸展,直至长满整瓶。菌丝体颜色正常,不同种类食用菌的颜色有差异,有光感,有些品种长到菌种成熟时会出现小菇体或扭结,未见杂菌污染。如果瓶底或壁部菌丝生势弱,或菌丝体生长不到瓶底部,可能是水分过多、或制种时拌料不均匀所至。
若位于瓶颈的菌丝体特别旺盛,呈棉絮状,颜色不正常,这可能是鬼伞或根霉菌污染。看到瓶底或其他部位有黄、绿色斑点,可能是青霉、曲霉污染。菌丝体收缩,离瓶壁,菌丝体颜色加深,有时看到“菌珠”或底部出现褐色粘状物,应是菌种老化。菌丝体不能向瓶底方向伸展、培养料松散,应是水分不足造成的。当打开菌种瓶观察,应闻到各种食用菌特有的香味,棉塞干爽无异物。
剔去菌种面层的菌皮,内部的培养物松软结块状为良好菌种。如果不见异物,也估计不是水分的影响,但菌种不能发生发展,则应检查培养料的酸碱度是否合适。如果原菌种块已萌发,但伸展不开,且有异味,挑开培养料,面层有粘胶状感觉,多是细菌感染。