食用菌具有"一高三低"高蛋白、低糖、低盐、低热量的特征，含有氨基酸、蛋白质、糖类、脂类、维生素、矿物质元素等多种营养成分。世界粮农组织还将食用菌推荐至每日食谱中。食用菌不但营养丰富、味道鲜美，同时还具有很高的药用保健价值。科学研究表明，食用菌富含的菇类多糖成分能够抑制癌细胞生长繁殖，提升人体自身免疫能力。具有抗肿瘤、降低胆固醇、清除人体自由基等多种保健作用，能有效抗癌、降血压、降糖、健胃、保肝，增强人体免疫调节，促进代谢平衡，保持身体营养均衡的状态。
有着这么多的特点，因此食用菌进行深加工有着高效的市场应用价值。而深加工是改变食用菌的传统面貌捷径，包括改进食用菌保鲜技术，充分利用原料加工成速食食品，科学提取食用菌多糖等有效成分，加工成药品、保健食品、化妆美容产品等。
除了对食用菌进行传统的干鲜菇、罐头和盐渍等初加工以外，食用菌的深加工也越来越引起食用菌产业界的重视，并形成了"未来的食用菌发展，必须以食用菌深加工为依托，没有深加工的发展，就没有食用菌的发展" 的共识。
目前，食用菌深加工产品概括起来有以下种类：
1.普通食品类 包括保鲜食品，如保鲜香菇；方便食品如速泡汤料；休闲食品，如菇类蜜饯；饮料类食品，如灵芝酒。
2.功能食品类 食用菌独特的营养和保健作用，可以开发如防治贫血、冠心病、气管炎、神经衰弱、糖尿病等不同剂型的功能性食品。
3.美容制品类 利用食用菌减肥、消脂、轻身的功能和特殊的抗氧化、缓衰老成分，可制成各类型美容制品。
4.药用食用原料类 从食用菌中提取菌菇多糖等价值成分，作为药品或辅助药品原料，如香菇多糖、灵芝多糖等。
5.农药制品 从食用菌中提取有关激素、生长素，制成生物增产素，还可以从食用菌中提取抗病毒物质，防治植物病毒。
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