近年来，在杏鲍菇工厂化管理栽培中，开始出现烂菇，流脓水现象，尤其对于晚春与盛夏季节更为严重，最近，中科院武汉病毒研究所利用百万电子显微镜，在中科院专家大力配合下，首次在畸形和腐烂杏鲍菇伤口流液及其液体菌种中发现粒径20-70纳米噬菌病毒。这一发现，对由数百家杏鲍菇农组成的杏鲍菇业，在稳定发展方面具有重大的价值和历史意义。
烂菇病发生原因：
1、杏鲍菇菌种退化、老化、抗逆性下降，在出菇房菌丝易感染空气中的病毒，在菌丝体生长长期一般没有任何症状，转入菇房搔菌后第7天后从菌袋搔菌出菇部位涌出大量黄色棕红色水珠，使菌袋烂掉，幼菇烂头，起瘤状物，中空流脓状液体，这种现象属生活利减退，感染危害严重，并引发其他病症和虫害的交叉感染。
2、用水过多，湿度过大，引发了各种病菌感染，工厂化生产有的工程技术人员片面的认为水分越高产量就越高，在拌料时盲目的加入过量的水。在出菇过程中，管理无规则喷水过多，加湿器长开，湿度超高菇房缺氧，导致荧光假单胞杆菌托拉斯假单胞杆菌、噬菌病毒的发生，这些感染都会造成不同程度菇体发烂、瘤疙、烂头、菇体中空、变黄、软腐、水肿等生理病害。
3、菌种隐性污染，在扩级制种过程中，由于条件有限或技术水平差，造成菌种隐性污染、病毒与菌丝共存使菌丝体生活力下降，子实体易发生病害。
4、要害，盲目使用或滥用无效药品，污染环境造成菇病害。
5、品种自身的生理代谢歧变反应，有些菇在子实体形成的过程中，由于外界不良环境因子（水分、温度）的影响导致代谢过程歧变（菇体不平整有凸起状）。产生黄色素，引发发黄病、烂菇病。这些品种的菌丝，在试管培养中，旺旺易分泌黄色素或形成红色水珠，局部橙黄色。可见除了栽培品种自身退化的因素外，栽培技术不规范、管理方法不科学，尤其是对水分的管理不当，随意性大，犯经验主义，造成黄菇烂菇的主要原因。
二、防治措施：弄清楚发生原因，也就有了防治方法。我们应该从菌种、栽培管理（水分）和药物使用几个方面防治平菇杏鲍菇黄菇烂病菇。
1、选择纯正、健壮、生命力强的菌种，根据栽培需要购种应从正规单位或研究所购菌种，菌种最好提纯、复壮、碱化去掉细菌的菌株。
2、科学水分管理、拌料时正确计算加水量、不同原料加水量料比不同，也可用测检仪，也可用手测，料要拌透、内外均匀，出菇时不可向菇体直接喷水，向四周和墙壁喷水、不打闭门水，喷水时时问保持13-15摄氏度开始通风打水加湿。高温高湿降温通风，低温气候干燥做到升温保湿，下雨天注意通风。刮风天注意勤喷水。
3、一旦发生病害立即通风降温、空间湿度85%为好。用二氧化氯液或3%石灰上清液+5%的食盐混合液喷菇面。5%的次氯酸钠（次氯酸钙）水溶液和0.01%-0.02%农用链霉素交替喷发病区，病害严重的摘除子实体，喷消毒剂。
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