鲜菇一经采收，须整齐排放在小型容器内，并尽快送往低温车间进行整理。
容器的长、宽、高分别为40厘米、8厘米、16厘米，其形状如周转箱，底部实板，四周预设直径2厘米～3厘米的圆孔，底下四角均有内缩插接角块，以便于码高多层。鲜菇采收时顺头排放，不使头尾相接，以免造成污染。低温车间内温度为1℃～3℃，可将普通恒温冷库改造后利用。鲜菇成箱搬入车间后分开摆放，不得再码高多层，以便于菇体充分降温，该环节对于气温高于15℃时采收的鲜菇尤为重要。整理的工具为薄片不锈钢刀或竹片刀以及小包装封口、打箱设备。
先用小刀将鲜菇基部削净，去掉泥土、基料等杂物，鳞片多时应一并除去，一般不用水洗，否则会缩短产品货架寿命。
待菇体内部降温至3℃以下时即可分装。一般可用泡沫质地的材料制作成高5厘米左右的单盒，每盒约装鲜菇150克。若禁销塑料包装，可定制纸质盒。鸡腿菇一般适宜16厘米×10厘米×4厘米（长×宽×高）规格的包装，姬松茸适宜15厘米×10厘米×6厘米规格的包装，真姬菇、杨树菇等适宜16厘米×8厘米×4厘米规格的包装。根据鲜菇形态及规格大小确定排放方式，然后封包保鲜膜。将小包装盒再装入泡沫保鲜箱内，每箱可装36盒，用透明胶带封口即成。
另外，短期贮存和运输时还可使用冰块降温保鲜或冷藏车运输等方法，冷藏温度控制在1℃～3℃即可。
