一、确保菌种纯正
这是食用菌菌丝体纯培养的前提条件。要注意菌龄和接种量，保证菌种具有旺盛生活力。用来生产转接的菌种，一级种保藏期以一个月内使用为佳，二级种和三级种保藏期以20天内使用为最好。菌龄越长，生活力越差，污染的机率也越大。栽培袋接种时，要适当增加接种量。在菌种生产的各个环节上，要注意杜绝病原菌侵染的途径。在制种工作全程中，要进行无菌操作。各级菌种培养基要彻底消毒。接种室和接种工具要消毒。接种前开紫外线灯灭菌半小时，还要喷洒药剂稀释液或药剂熏蒸，确保接种环境不带有杂菌。接种要在酒精灯火焰上方无菌区操作。有条件的单位应尽量使用超净工作台接种。菌种培养期间要经常检查及时淘汰污染菌种。
二、选用优质生产菌袋
菌袋厚度要求0.5毫米~0.6毫米，没有微孔。菌袋质量高，没有微孔，或用双袋制作法是防止链孢霉菌污染的重要环节，这会大大降低栽培袋污染率。
三、培养料要求新鲜、干燥
用清洁水拌料，料中添加2%石灰粉，提高料的pH值；培养料堆置发酵要透彻，料温达60℃以上，翻堆3－4次，杀死料中绝大部分链孢霉的分生孢子。熟料栽培时培养料灭菌要彻底，不留死角。培养料灭菌彻底是消灭链孢霉菌初侵染源的根本措施。熟料栽培的耳种、菇种，培养料用常压灭菌（100℃）需要保持12小时～16小时，或更长时间。用高压灭菌，压力达到１.5kg／cm2（126℃）保持3小时，通过热力灭菌，确保培养料内不带有链孢霉菌和其他杂菌。禁止使用受潮的棉塞。灭菌时严防瓶盖纸或棉塞受潮，菌棒两头要保持干燥，灭过菌的菌瓶、菌棒或菌袋应直接进入接种室。
四、接种时须严格执行无菌操作规程
在多家接菌的接菌员进每家家接菌时要彻底消毒。联合做菌的菌户更要对接菌员彻底消毒，防止连片杂菌污染。接种时加大接种量，降低链孢霉的发生机率。
五、不破损装料、灭菌、接种后的菌袋
六、发菌培养期控制好温度
培养室温度应控制在20℃～23℃，降低培养室温度能显著抑制这类杂菌的繁殖生长。空气相对湿度不应过大，应保持在40％～70％；经常通风换气，保持空气流通，黑暗培养。菌丝培养期要经常检查菌袋（或倒袋），最少3次~4次，及时淘汰链孢霉菌和其他杂菌污染的菌袋，把侵染源消灭在点的发展阶段，防止重复侵染。清理出来的污染袋用塑料袋装好，运到别处烧掉。
七、及时处理栽培下脚料
栽培后的下脚料是多种竟争性杂菌的栖息地，是链孢霉菌重要的侵染源，废料不能长期堆积在菇场内，必须及时处理掉。
八、及时发现、处理以防扩散
一旦发现链孢霉菌袋，由于链孢霉极易扩散，不要轻易触动污染物，立即用双层0.1%来苏儿或克霉灵浸湿的纱布包裹污染菌袋销毁。对瓶外、袋外已形成橘红色块状孢子团的，切勿用喷雾器直接对其喷药，以免孢子飞散而污染其它菌种瓶或菌袋。发生红色链孢霉污染的菌室，一定不要使用换气扇；新型产品进行灭菌处理。
九、污染菌袋的处理
菌袋发菌初期受侵染，已出现橘红色斑块时，首先要对空气和环境强力杀菌，控制好污染源，在向染菌部位或在分生孢子团上滴上煤油、柴油等，即可控制蔓延。袋口、颈圈、垫架子的纸上污染的，去掉污染颈圈、纸放入500倍甲醛液中，并用0.1%碘液或0.1%克霉灵溶液，洗净袋口换上经消毒的颈圈、纸，继续发菌；棚内地面上、棚内膜及其它菌袋上应及时喷上石灰水和0.1%的克霉灵，杀灭棚内空气中的孢子，并在棚内造成碱性条件，抑制链孢霉传播扩散。
出耳期生产者切记不要把已被链孢霉污染的菌袋放在菌场上暴晒或扔到河里。因为在高温高湿的条件下，链孢霉孢子会大量萌发并随风传播，致使空气中存在大量的链孢霉孢子，形成空气污染，给食用菌生产造成严重威胁，而应该将被感染的菌袋进行深埋或焚烧。
十、注意环境卫生
废料要及时处理，拌料室、接种室、培养室使用时，应该有专人负责清洁、消毒。在栽培老区，培养室、接种室要进行长时间、高频率杀菌消毒。最好用真药，大剂量的药物灭菌及应该交替使用多种灭菌剂。
