消毒剂是非彻底杀菌的一类药剂，通过消毒只能杀死部分杂菌，而细菌的芽孢、真菌休眠体等，有些并未被杀死，只是受到抑制，暂不发生危害。
1. 酒精
即乙醇，杀灭对象为细菌或真菌。用法：先将脱脂棉揪成小棉团，放入密封性好的瓶中，倒入70%～75%酒精湿润棉球，使用时可直接取酒精棉球。常用于手、菌种管（瓶、袋）的外壁、接种工具和组织分离时菇体表面的擦拭消毒等。消毒要选医用酒精，工业用酒精含有甲醇，具毒性，不可用于消毒。酒精易燃，遇明火、高热能引起燃烧爆炸，存放和使用时要注意安全。
2. 苯酚
又名石炭酸，杀灭对象为细菌、真菌等。常用浓度为3%～5%的水溶液，主要用于接种室（箱）和培养室的环境喷雾消毒，以及菌种瓶（袋）外壁的清洗消毒。苯酚对金属无腐蚀性，但对皮肤有较强的腐蚀作用，使用时应戴上塑料手套，避免其固体或浓溶液沾到皮肤上。在5%苯酚水溶液中加入0.9%的食盐或20%的0.01摩尔/升的盐酸溶液，可增强其杀菌作用。苯酚存放时要密封、避光，吸湿后的杀菌力不减。
3. 来苏儿
又称煤酚皂溶液或甲酚皂溶液。来苏儿能杀灭细菌营养体、真菌和某些病毒，常温下对细菌、芽孢无杀灭作用。其杀菌能力比苯酚强4倍。1%～2%来苏儿水溶液可用于双手消毒（浸泡约2分钟）；2%～3%来苏儿溶液可用于环境喷洒消毒和器皿消毒（浸泡约1小时）。来苏儿的腐蚀性大，原液未经稀释不能接触皮肤。在来苏儿溶液中加少量食盐或盐酸，有增效作用。
4. 新洁尔灭
别名苯扎溴铵。新洁尔灭杀菌能力强，对细菌、真菌都可杀灭。主要用于对双手和不能遇热的器皿、用具的擦拭消毒，浓度一般为0.1%～0.25%，但杀菌时间短，需随配随用。本品对皮肤有脱脂作用，操作时双手应注意保护。忌与肥皂、肥皂粉等接触；稀释用水质不能过硬，否则影响消毒效果。
5. 漂白粉
又名次氯酸钙或氯石灰。漂白粉杀菌力强，杀灭对象为细菌、真菌及线虫等，是菇房和制种常备的消毒剂。0.3%～1%漂白粉混悬液用于空间喷雾消毒，或用于洗刷接种室、床架，或用于浸泡材料、工具等。室外建堆和露地栽培时，若地面 潮湿，可直接用漂白粉喷洒，每平方米用量20～40克，可控制土壤中细菌、真菌及线虫等。漂白粉液稳定性差，要随配随用。若在其水溶液中加入与漂白粉等量或半量的氯化铵（或硫酸铵、硝酸铵），可提高其杀菌作用。漂白粉对物品有漂白、腐蚀作用，操作中要注意皮肤、眼睛及衣服的防护。
6.石灰
常用消毒剂，其杀菌作用较强。石灰分生、熟2种，使用时最好选用生石灰，其消毒效果更好。杀菌时，可用生石灰粉压盖被杂菌污染的料面，或用3%～6%石灰水喷洒料面，以杀除料面杂菌。在蘑菇培养料中添加1%～5%的生石灰粉，既有利于菌丝生长，又可抑制杂菌的发生。3%～6%石灰水也常用于喷洒墙壁、地面，进行环境消毒。另外，还可将生石灰粉用于接种室门口石灰封门，或培养室内放置除潮，或菌种瓶棉塞及培养架撒放防潮等。
7.过氧化氢
俗称双氧水。防治对象为真菌、细菌等，贮存时可加入少量乙酰替苯胺等作为稳定剂加以控制其氧化分解。常用作器皿、用具及皮肤的表面消毒，使用浓度为0.2%～0.5%。对菇体进行组织分离时，用20%的浓度浸泡1～2分钟也可灭菌。（小卓说三农）
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