1.塑料袋的选择不同
常压蒸汽灭菌一般选用聚乙烯薄膜，而高压蒸汽灭菌应选用聚丙烯薄膜，厚度为5～6丝，过薄，耐压和耐热能力低，会影响成品率。聚乙烯薄膜不耐高压，在1.2公斤/平方厘米高压下会融化，不能使用。
2.消毒压力和温度不能过高
高压蒸汽消毒压力比较高，但由于培养基包装大多使用塑料薄膜，消毒压力不能超过1.4公斤/平方厘米，可以通过延长消毒时间至2小时左右来达到消毒效果。消毒压力和温度过高，薄膜会出现融化或膨胀，产生裂缝、小洞，接种后易感染杂菌。
3.消毒时间应随培养基质不同而不同
一般而言，颗粒大的消毒时间长，麦粒、玉米作为基质时的消毒时应该长于木屑。
4.加压过程中应先放尽锅内冷气
由于高压锅加热初始锅内存有冷空气，开始加热后，热蒸汽集聚在锅的上部，越聚越多，压力越来越高，冷空气却还集聚底部，这时压力表上显示的压力是虚假的，只有把底部的冷空气放掉，显示的才是真实的压力。方法是加热后，当压力表压力达到0.5公斤/平方厘米时，打开放气阀，放尽空气，再加热灭菌。如能放二次空气，效果会更好。
5.加热升温和放气减压要慢
塑料袋的薄膜是软性的，高压锅加热和减压过程中塑料袋内外存有压力差，加热或减压过快，内外压力差异就大，容易引起塑料袋变形或胀袋、裂缝，接种后易感染杂菌。
6.其他
另外，在菌种袋外套一牛皮纸袋（可以反复利用），可以减少因装袋、搬运、接种过程中硬物碰撞造成的塑料袋破损。由于各个厂生产的灭菌锅，其质量、结构、容量不同，塑料袋的均匀度、培养料的颗粒、质地不一样，加上工作人员操作技术不同，在大面积应用时应反复比较试验，选出一个最佳方案后再应用。
