一、病毒性病害
感染症状：菌丝退化，生长不良，逐渐腐烂，子实体感染后引起畸形菇发生。
防治方法：在感染处注射１：５００苯来特５０％可湿性粉剂，并用代森锌粉剂５００倍水溶液喷洒菇场，防止扩大传染。
二、细菌性病害
①褐腐病：病原菌为荧光假单孢杆菌，在香菇的组织细胞间隙中繁殖，使受害子实体停止生长，菌盖、菌柄和菌褶变褐色，最后腐烂发臭。
防治方法：搞好菇场及工具的消毒，及早清除病变的菇体。然后用链霉素１：５０倍喷洒菌袋，杀灭蕴藏在菌袋中的病菌，防止第二茬复发。
②细菌斑点病：又称褐斑病，病原菌为托兰氏假单孢杆菌，菌落形状大小各异，一般呈灰色。当病菌侵染子实体时，会使菇体畸形、腐烂，菇盖产生褐色斑点，纵向凹陷形成凹斑。若培养基受到浸染，基料会发黏变臭。
防治方法：将侵染子实体立即摘除，并喷施１：６００倍次氯酸钙溶液(漂白粉)进行消毒。
三、真菌性病害
①绿霉菌：是香菇生产中危害最大的竞争性杂菌。初期菌丝为白斑，逐渐生成浅绿色，菌落中央为深绿，边缘呈白色，后期变为深绿色，严重时可使菌袋全部变成墨绿色。
防治方法：用２％甲醛和石碳酸混合液或用克霉灵、除霉剂注射受害部位；亦可用“厌氧发菌”法防治绿霉：将感染严重的菌袋单层平放，上覆盖潮细土３～５厘米，待香菇菌丝布满菌袋后取出，此期间须遮阴，常检查，防高温；也可利用温差进行控制，根据香菇菌丝和绿霉菌丝所需温度不同，把感染后的菌袋处理后运出培养室，置于２０℃以下阴凉通风的环境中，可抑制绿霉的扩散，香菇菌丝亦能正常生长。
②脉孢霉：又称链孢霉、红色面包霉。在无性阶段初为白色粉粒菌落，后呈粉红色，主要靠分生孢子传播，是高温季节７－８月发生的重要杂菌，来势猛，蔓延快，危害大。该菌一旦发生，菌种、栽培袋将成批报废。
防治方法：脉孢菌喜高温潮湿，所以首先避免高温湿环境。在培养料中加入占干料重量０．２％的２５％多菌灵或０．１％的７５％甲基托布津，可抑制培养料中残存的或发菌期侵入的病原分生孢子；菌袋发菌初期受害，应用５００倍甲醛稀释液或用煤柴油滴在未完全形成的病原菌落上；发菌后期受害，可将菌袋埋入３０～４０厘米透气性差的土中，经１０～２０天缺氧处理后可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
③毛霉：又称黑霉、长毛霉。菌丝无色透明，菌落初为白色，菌丝长势极快，每日可长３厘米左右，后期呈灰色或黑色。通过降温、通风、防潮防治。
④青霉：菌丝前期多为白色，与香菇菌丝很难区分，后期转为绿色、兰色、灰色、肝色，在２０℃～２５℃酸性环境中生长迅速，与香菇菌丝争夺养分，破坏菌丝生长，影响子实体形成。
防治方法：加强通风降温，保持清洁，定期消毒。局部发生可用防霉１号、２号消毒液注射菌落，亦可用甲醛注射，进行封闭。
⑤曲霉：初期为白色，后期为黑、棕、红等颜色，菌丝粗短。香菇菌丝受感染后，很快萎缩并发出一股刺鼻的臭气，致使香菇菌丝死亡。
防治方法：加强通风控制喷水，降低温度和湿度。严重时可用１：５００倍托布津或防霉１号、２号消毒液处理病处。
四、常见虫害与防治
①螨类：又名红蜘蛛，无触角、无翅、无复眼，身体不分节。潜藏在厩肥、饼粉、饲料、培养料内，取食香菇菌丝、幼菇、成熟菇、贮藏干菇，还给栽培者和消费者身体健康带来危害。
防治方法：一旦发现螨害的菌种马上检除，并进行高温药物处理，发生螨害的菌种不能继续用作繁殖的栽培种。对发生过螨害的菌种培养室用敌敌畏、磷化铝、磷化钙进行熏杀；菌种放置前用２０％三氯杀螨砜可湿性粉０．２５公斤加４０％乐果０．２５公斤或可湿性硫磺１～２．５公斤，再对水２５０公斤喷洒菇棚。当温度低于２５℃时，改用２０％的三氯杀螨砜可湿性粉０．２５公斤、加２５％菊乐合酯０．２５公斤，再对水２５０公斤喷雾即可。菌种培养期间，用５００克药粉处理２００瓶菌种或２０平方米培养场，每２５－３０天处理１次；轻微螨害的栽培种在使用前１～２天可用蘸有少许５０％敌敌畏的棉花球塞入种瓶内以熏杀螨虫；螨害较重的菌种应在报废的同时及时用杀螨剂进行喷杀。
②线虫：是一种粉红色线状蠕虫，体长１毫米左右，繁殖很快。蛀食香菇子实体，并带细菌造成烂菇，致使小菇蕾萎缩和死亡。线虫发生时用１％生石灰与１％食盐水浸泡菌袋１２小时即可杀灭。
③跳虫：又叫香灰虫，米灰虫。幼虫白色。成虫灰蓝色，弹跳如蚤，繁殖很快，常聚集在接种穴周围或菌柄和菌褶交界处。为害菌丝，致使菇蕾和菇体枯萎死亡。若发现跳虫，可用除虫菊脂类药物杀灭。
④蛞蝓：俗称粘粘虫，成虫体长５～８厘米，虫体呈灰白色，头尾稍尖，腹部能分泌粘液，爬行后呈白色薄层液迹。白天潜伏在阴暗潮湿处，夜间出来咬食菌伞、菌褶，有时还藏在菌褶中蛀食。发现虫害后，可用１％菜饼液或用５％食盐液喷洒；在蛞蝓经常活动的地方撒生石灰或白碱，沾在蛞蝓体上即死，也可人工捕杀。
⑤香菇蛾：幼虫体白色头黑色，长７～８毫米，成虫长０．５～０．６厘米，前翅暗褐，后翅黄褐，触角丝状，躯干黄乳白色。香菇蛾一年可繁殖４代，其幼虫可成年轮番生息在菇木内，造成死穴增多，影响菌丝蔓延，使菇木利用率下降，产量减少。成虫在干香菇上产卵，如遇干菇含水量较高，卵即孵化成成虫，初期多居于菌褶内或香菇碎屑中，侵害香菇盖面，使香菇失去商品价值。
防治方法：防止干香菇被侵食比较困难，最重要的是将香菇含水量保持在１３％以下。香菇烘干后及时套入二层塑料袋装进铝膜纸箱，包装箱密封前，最好放进一些氯化钙等吸湿剂，可以长期保存香菇不受侵害。梅雨季节应定期检查，一旦发现返潮，应及时烘烤。如干香菇已受到香菇蛾的侵害，可用二硫化碳或氯化苦熏蒸，每１５公斤干菇内放入５毫升的二硫化碳，即可杀灭香菇蛾的幼虫或成虫。二硫化碳易燃，熏蒸时应注意防火。氯化苦有强烈刺激臭味，渗透性很强，具有较强的杀虫力。
⑥甲虫类：甲虫类害虫大多属于鞘翅目昆虫，常见的有赤拟谷盗、脊胸露尾虫。这两种成虫体长均在２～４毫米，体扁平，背部有光泽，触角１１节，末端３节膨大。赤拟谷盗虫呈椭圆形，赤褐色至黑褐色，复眼黑色；脊胸露尾虫深黑色或黄褐色，复眼圆形，呈褐色，翅末端平截，腹部两节背板外露，俗称露尾虫。这两种甲虫的幼虫均咬食用褶和香菇，影响香菇品质，成虫潜伏于菌褶内产卵。
防治方法：同香菇蛾。一旦发生大量虫害，可将香菇置于６０℃烘干室２－３小时，即可杀死害虫。
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