1、环境 菌种生产提倡清洁生产，菌房事先应消毒处理，最好采用2种以上方法交叉消毒，避免杂菌产生抗药性。出现杂菌的菌袋应及时隔离处理，严重的必须及时远扔深埋，不能在生产场地堆积。
2、原料 选择经济实用、来源广泛的原料，已霉变、腐烂的原料不要采用。培养料中各种物质的配制比例要适当，特别是要有适宜的碳氮比。对不同种类的食用菌菌种应选择适宜的 PH值。培养料的含水量要合适，拌料要均匀，配好料及时分装。
3、灭菌 灭菌是菌神生产的关键，灭菌要彻底。常压蒸汽灭菌注意灭菌仓内不能有死角；高压蒸汽灭菌排放冷空气要彻底，防止产生假压，影响灭菌效果。
4、接种 接种要选择优良菌株。接种必须在无菌条件下进行。对培养基、接种工具、操作环境需严格灭菌，接种过程严守无菌操作规程，不得混入任何杂菌，以确保菌种质量。
5、培养 菌种培养过程中要经常检查，发现有杂菌感染应立即取出，没有适时萌发的菌瓶(或试管)应单独陈放或补种。经常检查和调节温度，使菌丝在适温下生长。当菌丝快要长满时，将培养温度降低2～3℃，则菌丝将更加健壮有力，适当通风换气，保持菌房空气新鲜。
6、贮藏 菌种长好之后应及时使用，此时菌丝处于最佳生长期，接种到新的培养料上能表现较强的适应性。存放过久，培养时间太长，养分消耗多，菌丝老化，生活力显著下降，增加后期污染。若暂时不用，要放在低温、干燥、清洁的室内避光保存。
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