培育菌种的基质，在一定程度上决定着菌种的质量，决定着生产计划能否顺利实施。对于生产菌种的基质，笔者提倡因地制宜、就地取材，比如北方地区的棉籽壳、玉米芯等均可应用，还有麦麸、木屑等资源，也是不错的基质材料。
一、一级种基质配方
一般使用PDA改良基质。基本配方：马铃薯200克、麦麸30公斤、葡萄糖20克、磷酸二氢钾3克、硫酸镁2克、食母生4片（0.2克/片）、1片维生素B1（10毫克/片）。该配方适应于大部分品种，一般发菌8天左右。
二、二级种基质配方
棉籽壳基质基本配方：棉籽壳95公斤、麦麸5公斤、石灰粉2公斤、过磷酸钙2公斤、尿素0.3公斤。适于平菇、草菇、鸡腿菇、榆黄菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分食用菌品种。一般发菌25天左右。
谷粒基质基本配方：小麦100公斤、麦麸20公斤、石灰粉1公斤、石膏粉1.5公斤。也可使用玉米、大豆等谷粒。该配方适应于平菇、榆黄菇、鸡腿菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分食用菌品种。一般发菌10天左右。
木屑基质基本配方：木屑80公斤、麦麸15公斤、豆饼粉5公斤、石灰粉5公斤、石膏粉2公斤、过磷酸钙2公斤、尿素0.6公斤。该配方适应于平菇、榆黄菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分木腐菌品种。一般发菌40天左右。
玉米芯基质基本配方：玉米芯85公斤、麦麸15公斤、石灰粉4公斤、石膏粉2公斤、过磷酸钙2公斤、尿素0.6公斤。该配方适应于平菇、草菇、鸡腿菇、榆黄菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分食用菌品种。一般发菌10天左右。
木块基质基本配方：木段或木块100公斤、麦麸20公斤、石灰粉4公斤、石膏粉2公斤、过磷酸钙2公斤、尿素1公斤。该配方适应于香菇等品种，减去石灰粉可适应于木耳栽培。一般发菌20天左右。
三、三级种基质配方
可在二级种基质配方的基础上，按照降低成本的原则，以玉米芯等为主料，并减去麦麸等高价原辅料。
四、根据要求调整基质
1.黑木耳、毛木耳、猴头菇等品种，使用棉籽壳基质时，应在基本配方基础上，降低或去掉石灰粉。
2.时间偏紧需要尽快使用菌种时，可采取以下办法：
计划必须20天播种的，应增加一级种制作数量，同步增加二级种数量并使用谷粒基质，即可完成播种计划。
计划必须40天播种，增加一级种制作数量，同步增加二级种数量并使用谷粒基质；三级种可采用小规格菌种袋、棉籽壳基质，确保20天内完成发菌，即可满足播种计划。
计划必须60天播种，一级种常规制作，二、三级种使用棉籽壳、玉米芯等基质，常规制作，即可轻松满足播种计划。计算方法与上相同。
五、几种特殊情况注意的问题
草菇：二级种有易二次污染的特性，应及时使用；三级种可迅速出菇，不宜久存。
鸡腿菇：菌种不会现蕾，可长期存放，但要 注 意 保 存 环境，防治病虫和高温。
双孢菇：尤其是高温型菌株，一旦料面周边发生大块原基，则不宜做菌种使用。
