菇棚常常会遇到这样或着那样的害虫，选择合适的农药来防治就成了关键。
1、菇蝇：幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。此菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90千克/100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15千克的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。（烟碱可自制：取0.50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒）。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
2、菇蚊：菇蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500—800倍的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
3、菌虱：是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源浸入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库，鸡舍等作为养菌室时要彻底消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50%敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1%硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉或用开水烫死。
4、线虫：线虫是一种无色的小蠕虫，体形极小，仅1毫米左右。幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂并有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克/千克的硫化锌喷施培养块来防治其为害。
5、跳虫：又名烟灰虫。它具有灵活的尾部，弹跳自如，体具蜡质，不怕水。常分布在菇床表面或潮湿的阴暗处咬食子实体。出菇前发生可用1：1000倍的敌敌畏加少量蜜糖诱杀。或用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，此时可利用新鲜桔皮0.25—0.50千克切成碎片，用纱布包好榨取汁液，再加入0.50千克温水之后用1：20的比例喷施2—3次，防跳虫有效率达90%以上。
6、蛞蝓：俗称鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。防治方法：米糠或豆饼加入2%砷酸钙或砷酸铝制成毒饵诱杀，也可用15—20倍氯化钠溶液地面喷洒驱除成虫。晚上9—10点钟是它们集中活动时期，这时可进行人工捕捉。
7、蓟马：成虫黑色，体小，身体略扁，复眼突出，若虫桔红色。其主要吸取菌体汁液，严重时可导致菌体萎缩。防治方法：用40%乐果乳剂1500—2000倍液喷，或90%敌百虫、50%马拉硫磷1000—1500倍液喷雾，防效可达80%—90%。
8、蝼蛄：用毒饵诱杀效果最好。其配方为敌百虫50克，米糠或麦麸1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
9、其它害虫：伪步行虫、蛀板虫、四斑丽钾等可用鱼藤精500—800倍液喷雾或80%敌敌畏1000—1500倍液喷雾都可取得较好防效；白蚁是南方一大害虫，其主要为害茯灵等菌类。挖巢灭蚁是避免或减少白蚁为害的有效方法。另外还可用臭椿树枝法即将菇棚周围挖一小沟，把新鲜臭椿树枝均匀地放在沟内，用土盖上，对白蚁有很强的驱避作用。
