一、蒸馏水法。适用于平菇、金针菇、香菇的菌种。
1.保藏平菇、金针菇菌种。先将八成熟待保藏试管菌种移入接种箱内灭菌后，用药用注射器从试管栓内注入蒸水，将培养基面全部淹没至管口2厘米为止。管口用矿蜡封闭，在常温下，将其置于阴凉处立放可以保藏1～1.5年。
2.保藏香菇、木耳菌种。用150×15毫米的指型管将培养至七成熟的固体或半固体试管菌种在接种箱内无菌操作下，放入25×200毫米的大试管内，向大试管内注入蒸馏水至管口1厘米处，封口用橡皮栓包好，外用矿蜡加固密封，置于阴凉处。木耳菌种可保藏7～8个月，香菇菌种可保藏9～12个月。
此法在自然温度下也可以保藏其他菌种。
二、尿素暂存法。在避光、干燥、通风良好的地方放置袋装尿素，将试管菌种主体埋在尿素颗粒中，试管口露在外面，可保藏菌种活力30天之多。此法在恒定低温环境下即可进行。
三、液体石蜡保藏法。选用化学液体石蜡。高压灭菌后放入40℃恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蜡封好。直立在清洁、干燥、凉爽的低温处可以保藏5年。
四、麦粒保藏法。取优质小麦淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍晾干后装管。装入量以管长的1/4～1/3为宜。将装有麦粒的试管灭菌后趁热摇散。冷却后接入菌丝体。在适温下培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时，终止培养。菌种可置于25℃以下干燥处保藏1～2年。
