菌种生产是食用菌栽培的重要一环，没有优良菌种，就得不到优质高产。因此，菌种在扩大培养或实际使用时，必须做好菌种鉴定工作。菌种鉴定概括为两方面：一是鉴定所持菌种是否所需要的菌种，二是鉴定菌种的质量。鉴别是否所需要的菌种就要检查菌种的标签，向供应单位查询清楚才可确认。
菌种质量鉴定要从菌种的纯度、长势、菌龄、色泽、均匀度、出菇快慢、菇的质量、产量等方面进行。从外观观察，要求菌丝体生长健壮、均匀、菌丝体从菌种块发出，渐向瓶底伸展，直至长满整瓶。菌丝体颜色正常，不同种类食用菌的颜色有差异，有光感，有些品种长到菌种成熟时会出现小菇体或扭结，未见杂菌污染。如果瓶底或壁部菌丝生势弱，或菌丝体生长不到瓶底部，可能是水分过多、或制种时拌料不均匀所至。若位于瓶颈的菌丝体特别旺盛，呈棉絮状，颜色不正常，这可能是鬼伞或根霉菌污染。看到瓶底或其他部位有黄、绿色斑点，可能是青霉、曲霉污染。菌丝体收缩，离瓶壁，菌丝体颜色加深，有时看到“菌珠”或底部出现褐色粘状物，应是菌种老化。菌丝体不能向瓶底方向伸展、培养料松散，应是水分不足造成的。当打开菌种瓶观察，应闻到各种食用菌特有的香味，棉塞干爽无异物。剔去菌种面层的菌皮，内部的培养物松软结块状为良好菌种。如果不见异物，也估计不是水分的影响，但菌种不能发生发展，则应检查培养料的酸碱度是否合适。如果原菌种块已萌发，但伸展不开，且有异味，挑开培养料，面层有粘胶状感觉，多是细菌感染。
菌种的质量更要求检验其产生子实体的能力，因此要做好出菇试验，观察播种后菌丝萌发时间、培养料的结块时间，小菇体或扭结出现时间，菌丝体分布情况等；记录第一批收菇时间、产量、质量等；第一批与第二批菇相隔时间，第一批菇占总产量的比率等，都是评价菌种质量的参数。
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