为了保护和合理利用食用菌种质资源，规范食用菌品种选育及食用菌菌种（以下简称菌种）的生产、经营、使用和管理，根据《中华人民共和国种子法》（以下简称《种子法》）等相关法律规定，农业部制定了《食用菌菌种管理办法》（以下简称《管理办法》），从技术层面上主要应明确以下几点：
品种选育
按照食用菌品种选育技术规范，选育1个优良品种，一般需要至少3年，多数种类需要5~7年，需要高科技、高智慧、高投入。也正因为如此，植物新品种才成为国际承认的知识产权形式。多年来，我国广大食用菌育种科学工作者选育出了相当数量的食用菌优良品种，但仍远远不能满足产业发展的需要。调查表明，很多单位和个人所谓的“育种”多停留在互相引种，常规试验比较筛选水平，经济性状优良的品种自行冠名，导致大量的同物异名，育种者利益得不到保证，生产使用菌种混乱。为了澄清菌种混乱，《管理办法》要求境外引进菌种要送至中国农业微生物菌种保藏管理中心保存；选育的新品种可依法申请植物新品种权；鼓励育种者申请品种认定；品种要有适当的名称，具体的命名规范，将由农业部通过正式颁布《食用菌品种选育技术规范》标准来规范。其中明确规定了名称除要符合《中华人民共和国植物新品种保护条例》外，还要体现食用菌的物种、表意清楚真实，不可夸大事实，不可引起歧义，总之品种名称要体现品种的特性特点。
品种认定 品种认定是对品种经济性状的鉴定，对其利用价值的评价。根据我国国情，我国农作物品种实行审（认）定制度，这一制度有效推进了优良品种的选育和良种化进程。按照《种子法》和《管理办法》，我国食用菌新品种实行自愿认定，为此成立了全国食用菌品种认定委员会，设立了办公室（设在全国农技中心），起草了食用菌认定的相关系列文件，相关认定工作开始启动。食用菌品种认定的程序为：申报→指定机构的特异性和经济性状测试→认定委员会认定→登记公告。食用菌品种认定工作的开展，必将有力促进我国食用菌菌种良种选育工作，促进菌种质量的提高，促进食用菌产业的发展。
菌种的繁育体系分级 根据食用菌菌种无性繁殖、生长快变异快的生物学特点，同时考虑到我国菌种生产规模小、生产分散、多数菌种场设备设施简陋、技术水平低、菌种质量总体低下的实际情况，为了避免无限扩大繁殖导致菌种变异、保证菌种质量，《管理办法》和相关技术标准规定，我国食用菌菌种为母种（一级种）、原种（二级种）、栽培种（三级种）繁育体系。所谓母种，是指选育得到的具有结实性的菌丝体纯培养物及其继代培养物，它是食用菌的出发种；所谓原种，则由母种移植、扩大培养而成；所谓栽培种，则又由原种移植、扩大培养而成，我们平时所吃的食用菌，是由栽培种作为生产用种接种生长而来。《管理办法》对各级菌种场都有详细的资质要求规定。
菌种生产技术的规范性要求为了增强《管理办法》的可操作性，要求菌种生产和经营要符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》（以下简称《规程》）的要求。根据《规程》，菌种生产的规范性技术要求包括技术人员、场地、厂房设置和布局、设备设施、使用品种和扩大繁殖、生产工艺流程、过程技术等。
技术人员要求与生产菌种的级别相适应，有省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员和生产技术人员；场地要求地势高燥、通风良好、排水畅通、交通便利；至少300米内无规模养殖的畜禽舍，无垃圾（粪便）场，无污水源，无大量扬尘源（如水泥厂、石灰厂、沙石厂、木材加工厂等）。厂房设置和布局要求摊晒场、原料库、配料分装场（室）与要求无菌或高度洁净的冷却、接种和培养等场所相隔离，同时各类房屋设施的设计和建造要符合食用菌菌种生产的技术需要。设备设施以《规程》对菌种场应具备的设备设施及其性能和安全性进行的具体规定来要求。使用品种和扩大繁殖要求种性清楚的品种，鼓励使用省级以上认定品种，明确规定不可使用来源不清、种性不清的菌种，更不可使用生产性状未经系统试验验证的组织分离物做种源生产菌种，并要求从具生产资质的供种单位引种。这为通过认定的优良品种的推广、保证使用品种性状优良、保证菌种质量，提供了法律保证。
《管理办法》和《规程》规定，上一级菌种场可以生产其以下级别的菌种，而下级菌种场不可生产其以上级别的菌种。这就是说，下一级菌种生产必须使用上一级菌种作为种源。而且各级菌种的扩大繁殖量有相应规定，即每支母种扩大原种不超过6瓶（袋），每瓶（袋）原种扩大栽培种不超过50瓶（袋），栽培种不可再扩大菌种，只能用于栽培，这也是质量监督评判的重要技术依据。
为了便于执法监督，防止假冒菌种进入流通，规定接种完毕后加贴标签，而不可出售前贴标签。为了保证质量，要求各环节详细记录，每批菌种都要留样备查，至该批菌种出第一潮菇（耳）。留样要求菌种场必须具备冷库，否则这一要求无法实现。
菌种质量保证体系《管理办法》要求各生产经营单位和个人都要有菌种生产经营质量保证制度，实际上这是一套质量保证体系，包括人员与岗位管理、环境维护、设备设施维护和使用、工艺与技术参数、检查与记录、过程流转、贮存运输、信息反馈与抱怨处理（产品流向、售后服务、追溯机制等）、程序化控制的管理体系等。任何一个菌种生产单位和个人，在具备《管理办法》要求的各项条件的前提下，认真执行《食用菌菌种生产技术规程》，有严格有效的质量保证体系，其质量问题就有了可追溯性，以便及时纠正，就能够向广大栽培者提供有质量保证的合格菌种。
