鸡腿菇袋栽发菌栽培与畦式直播栽培比较，具有发菌易检查、易控制发菌环境的温湿度、发菌成功率提高等优势，易于集约化生产。由于鸡腿菇菌丝抗逆性较强，不易老化，菌丝可长时间保持活力，因此，只要具备条件，便可大量进行袋栽生产，并使其发好菌，待到合适的季节再安排栽培出菇。发菌可按以下四个具体时期进行管理：
一、萌发期的管理
此期3～5天，要保持最佳生长温度，以求迅速恢复生长。菌种在掏出掰碎时，易受伤失水，若遇到高温（40℃以上）易被烧死，若遇低温则延迟生长。一般生料栽培温度可控制在20℃左右，经3～4天，接种点四周长出整齐而浓密的菌丝，即为萌发。此期管理以遮光、保温为主。生料栽培易出现毛霉，熟料则易出现桔红色链抱霉。所以拌料、操作过程及室内消毒很重要。
二、定植扩展期的管理
定植扩展期也叫封面生长期，约需10天。当菌种萌发后，迅速生长占领培养料面，成为与杂菌竞争的优胜者，此期菌丝生长旺盛，代谢作用增强，分解基质后二氧化碳增多，需氧量大，管理要点以散热、通风为主。接种5～7天要倒袋，床栽要揭膜，同时检查污染情况，及时处理。通风散热时间最好在无风空气沉静时进行，或在无风晴天进行，为预防杂菌侵入，培养料温度不高时可免此程序。此期培养料温度一般比袋外高3℃～5℃，所以袋表面温度不可超过25℃，以20℃左右为宜，手摸有凉感为好，有热感则不好，烫手则发生烧菌现象。
三、安全生长期的管理
安全生长期也叫菌丝延伸伸长期，菌丝长满培养料表面后，向培养料内继续延伸生长，直到培养料内全部长满菌丝。若温度较高，则菌丝生长速度快，菌丝细弱。为获得粗壮菌丝，此期要通风、降温。接种5～20天，培养料大量散热阶段已过，鸡腿菇菌丝生长旺盛，需氧量多，通风很重要。培养好的菌丝表面洁白浓密，整齐往前伸长；稀疏细弱的菌丝，虽能出菇但产量不高。
四、菌丝成熟期的管理
菌丝成熟期也叫菌丝回丝期，当鸡腿菇菌丝长满全部培养料后，菌丝还要继续生长，表现为颜色进一步浓白。尤其是在安全生长期温度偏高、菌丝细弱时，更需要继续生长以使其尽快成熟。此期一般需4～5天，成熟期结束后，菌丝停止生长并开始扭结形成原基。此期是菌丝向子实体转化的关键时期，此期管理的重点：一是增加光照，去掉遮阳物，用光抑制菌丝生长，促使菌丝扭结；二是增加湿度，空气相对湿度为85％以上；三是降低温度，增大温差。以上三个条件如能及时满足，则能缩短成熟期，否则会延长成熟期和推迟出菇。
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