在黑木耳栽培过程中常有杂菌和虫害发生，而造成生产上的损失。特别是在管理粗放和高温高湿下，往往病虫害发生严重甚至无收。常见的黑木耳害虫有鱼儿虫、壳子虫、米象、蛞蝓、小马陆、弹尾虫、蓑衣虫;危害黑木耳的常见杂菌有碳困、革耳、云芝、木霉、青霉、裂褶菌、朱红菌等。
防治黑木耳病虫害应采取预防为主，综合防治的方法，从而提高黑木耳本身的抗病虫害能力，减少病虫孽生条件和药剂防治三方面入手。主要措施如下：
1、提高黑木耳本身搞病虫能力
①选育优质高产，抗逆力强的菌种。
②创造适宜黑木耳生长的温度、湿度条件和营养条件，使黑木耳本身具有较强的与杂菌竞争的能力。
2、减少病虫害生长条件
①清理好耳场，搞好耳场和栽培房的消毒。
②对感染性强的污染耳木，菌袋、菌瓶，菌砖应隔离和烧毁。
③可放鸡入耳场喙食害虫。要求鸡只吃害虫而不损害黑木耳。
3、药剂防治
①将耳片采光后用600—800倍液敌敌畏喷雾可杀死多种害虫。
②用5%食盐水或5%碱水可防治蛞蝓。
③用2%的可湿性三氯杀螨醇一千倍液浸耳木或喷雾可防治螨类。
④用1%石灰水或5%食盐水喷雾可防治线虫。
⑤用2%生石灰涂刷被杂菌危害部位可抑制杂菌蔓延。
三、黑木耳的越冬管理
段木栽培黑木耳当年即可采收，可连续收三年。第一年产量不多，第二年产量最高，第三年产量下降。每年进入冬天，随着气温下降，黑木耳停止生长，进入越冬休眠期。越冬期的管理有几种方式：
1、南方各省冬季的气温较高，耳木可以让其在耳架上自然过冬。在较干旱的时候，适当喷点水保湿。
2、采取排场过冬，即先在地面上放一枕木，然后将耳木一根根横放在上面，一头着地，一头枕在枕木上。这样既能保持水分，又能防止霉烂和白蚁危害。
3、将耳木集中堆放在背风、向阳、干燥的场地上，堆高不宜超过一米。太干燥时，适当喷点水保湿。
黑木耳栽培过程中不管采取哪种方式越冬，种植户都应严格保护好树皮。来年春季子实体大量产生时起架管理，才能确保黑木耳的产量和质量。
