栽培金针菇的原料丰富，成本较低，深受农村种植户的喜爱。随着金针菇生产面积逐渐扩大，生产问题也逐渐显现，为了使金针菇生产向规模化发展，现将生产中易出现的问题及预防措施介绍如下。
1、接种后菌种块不萌发或菌种萌发慢，菌丝生长缓慢、长势差
主要原因：①、菌种退化、菌龄长。②、播种量过少，菌种分散，或播种时菌袋内温度过高。③、培养料配方不适宜，含水量过高或过低，pH值不适等。
预防措施：①、严把菌种质量关。从菌种质量信得过的地方购种，购种后及时播种。②、灭菌后菌袋冷却至28℃以下方可播种。适当加大播种量，至干料重的3%－4%。接种时不宜过度分散。③、适宜的培养料配方是金针菇高产的重要条件之一，在用稻草、豆秸秆、木屑等原料作主要培养料时，注意加大麦麸、玉米粉等辅料的用量，以保证菌丝生长的前期营养。培养料装袋前含水量控制在65%左右。培养料的适宜pH值6.5－7.5。
2、不现蕾
主要原因：①、菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气温度不足，培养料表面出现白色棉状物，影响菇蕾形成。②、催蕾室内通风不足，二氧化碳浓度偏高，延长了营养生长向生殖生长转化的时间。
预防措施：①、料面干燥时喷18－20℃温水，量不宜过多，喷后以不见水滴为宜。②、通风降温，喷水增湿，使温度维持在10℃左右，空气相对湿度提高到85%－90%。防止气生菌丝生长过旺，形成菌膜。③、增加散射光照，诱导形成菇蕾。
3、菇蕾发生不整齐
主要原因：①、未搔菌，老菌种上先形成菇蕾。②、搔菌后未及时增湿，空气湿度低，料面干燥，影响菌丝恢复生长。③、袋筒撑开过早，引起料面水分散发。
预防措施：①、通过搔菌，将老菌种块刮掉，同时轻轻划破料面菌膜。减少表面菌丝伤害，有利于菌丝恢复。②、催蕾阶段做好温、湿、气、光四要素的调节，促使料面菇蕾同步形成。③、待料面有原基出现后再撑开袋筒，防止料面失水。
4、菇蕾变色枯死
主要原因：在诱导出菇阶段分泌的小水珠未及时风干，使菇蕾原基被水珠浸没，缺氧窒息。
预防措施：菇蕾原基现出时，若料表面出现细小水珠，要注意增加室内通风，使小水珠风干。小水珠呈淡黄色、清亮时为正常；若呈茶褐色、浑浊时为杂菌侵染。
5、原基密密麻麻 有效菇却稀稀拉拉
主要原因：主要是金针菇发育不同步所致，因为抑制开伞，片面提高二氧化碳浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气供应而窒息。
预防措施：应根据不同季节，不同栽培环境，采取不同通风量的办法来解决。在抑制阶段要加大室内通风，让长得高的菇蕾发白。舂夏秋冬，雨天要加大室内空气循环量，相对湿度保持80－85%，宜采用竖直往复式升降扇，确保栽培架每一层空气均能充分流动。
6、出现菌盖相连，菇柄扁平的“连体菇”
主要原因：菇房内换气不充分，以发菌丝未达到生理成熟；培养基过干、菌种老化等原因均会导致“连体菇”的产生。
预防措施：按不同生长阶段二氧化碳浓度需用量，以简易二氧化碳测定仪监测基房内子实体不同发育阶段二氧化碳的含量，需通风时及时通风；子实体发育过程中光强应低于200勒克斯，每日受光2小时，分数次进行。
7、菇蕾粗细不一
主要原因：幼蕾抑制失败。
预防措施：在催蕾过程中要经常疏蕾，及早把特别粗壮的菇蕾拔弃。
8、产生“水菇”
主要原因：菇房内空气湿度较高。
预防措施：尽可能地降低菇房内的空气湿度。用竖直往复或升降风扇或180度转头电风扇吹，强制对流。调整好进排气量的比例，补进的新鲜空气应预冷排湿。采收前两天要加大空气对流量。
9、菇蕾发育过程中易开伞
主要原因：①、菌袋质量差，发菌质量低。若菌丝稀拉，发育不良，装料不实，营养缺乏，即使出菇也易开伞。②、栽培管理过程中温度、湿度、氧气、光照不协调。
预防措施：菌袋培养过程中要加强空气循环，防止发菌阶段产生的热量无法散发而烧菌，同时检查培养料含水量不应低于50%和不应高于70%，检查菌袋灭菌是否彻底，栽培种是否受到隐性污染。
10、细菌性斑点病
主要原因：温度高时，向菇体上喷水，造成幼菇机械损伤，细菌侵入，菇体颜色变深，严重的菇体烂掉。
预防措施：喷水时应注意不要把水直接喷到菇体上，确实需要向菇体喷水时，应离菇体要远，雾要细，避免菇体受伤。
