一、适时采收
适时采收是加工优质干羊肚菌的关键措施之一。过早采收产量低，过迟采收营养成分低，价值也低。羊肚菌子囊果的成熟以菌柄淡黄色，菌柄初变褐为标志，通常采收的子囊果要以八分成熟为宜，此时整个菇体分化完整，颜色由深灰变浅灰或褐黄，菌盖饱满，盖面沟纹明显，边缘较厚，外形美观，口感最好。羊肚菌通常上午9-12时采收，必须一朵一朵地采，而且不能沾到泥土。采收时用左手3个指头轻轻握住菌柄，右手用竹片等非金属物轻轻撬起子囊果。注意不能用手拔，因为最下面的部分留在泥里，土里遍布着菌丝，像一张供应养分的网，有些好的还能生长起来，一茬接一茬，但是如果铲断了菌丝，就不会再继续出菇了。
二、分级存放
采收后的羊肚菌要先将菇体上附带的杂质去除干净，再按照不同等级分别存放，采菇用的篮子和框底内部应铺放卫生纸或茅草等柔软物。将羊肚菌按顺序排叠，轻取轻放，以免擦伤或碰碎菇体表面，每篮放菇数量不宜太多，以防压伤菇体，影响到产品外观和降低等级。
三、剪柄
剪柄长短应根据羊肚菌形、羊肚菌肉、羊肚菌质、羊肚菌面来确定，并可分为去糠、剪半脚、剪平脚三个等级，这对成品羊肚菌干的品质和干羊肚菌的所得率影响很大，也影响着羊肚菌的销售价格。
1）羊肚菌面小、肉薄、脚长的，以去糠为宜（保持全脚）;
2）羊肚菌面大而圆、肉薄、肉质松软的，可取其半脚（即剪去羊肚菌脚的一半），取值范围为1～1.5厘米左右；
3）羊肚菌面大而圆，肉厚而坚硬的，以取平脚为宜，即剪去脚，剩下约0.5厘米左右。
