一、有机蘑菇褐腐病：又名蘑菇疣孢霉病、水泡病、白腐病等。是当前蘑菇栽培中为害最大的病害。除了为害蘑菇外，还可为害平菇、草菇、银耳、灵芝等。该病在蘑菇不同发育阶段发生表现症状不同，蘑菇开始扭结形成幼小菇蕾时(子实体未分化时)易受侵染，形成硬马勃状的不规则组织块。上覆1层白色绒毛状菌丝，以后变暗，最后变为暗褐色，从病组织中渗出暗褐色液滴。覆土下面的小菇蕾也可受感染，在覆土表面出现一些白色菌丝的小斑点。在菌柄和菌盖分化之后感病，菌柄变成褐色。子实体发育末期，菌柄基部受感染产生淡褐色变色。发病严重时，第一批菇颗粒无收。
有机蘑菇防治措施：1. 改变或破坏发病的条件，防止病害发生。疣孢霉孢子不耐高温，将培养料进行2次发酵，可杀灭培养料中病原菌的孢子。掌握适当的播种期，使出菇期避开高温的诱发而致病，菇房的温度控制在15℃以下。开始发病时应立即停止喷水，加大通风，使菇床表面干燥，将温度降至15℃以下。病区喷1%~2%甲醛溶液或喷 50%多菌灵或70%甲基托布津500倍液。2. 覆土消毒。采用巴斯德灭菌法(60℃)处理1小时，或用40%甲醛消毒。3. 换土。发病严重时，去掉原有覆土，更换新土。4、防虫。做好菇房内菇蚊、菇蝇的防治工作。
二、蘑菇病毒病：该病发生普遍，为害严重。受害程度与感染期有关。一般使用带有病毒的菌种，则在蘑菇发育早期发病，对产量影响极大，甚至绝收。在蘑菇菌丝体生长期由带有病毒的担孢子降落在菇床上萌发而引起发病的，则第一潮菇生长正常，产量不受影响，随后的几潮菇，由于病菇逐批增多，产量逐批下降。子实体最明显的症状是菌柄伸长，菌盖很小，有的甚至菌盖直径不超过菌柄。有的菌盖薄而平展，早开伞。发病的蘑菇菌柄上经常出现褐色斑，或条纹状斑。菇柄内可挤压出水。
有机蘑菇防治措施：1、培育、使用无病毒菌种。2、覆盖菇床。播种后用地膜或旧报纸覆盖床面，以防带毒孢子降落在培养料中，并定期(5~6天)用0.5%甲醛溶液喷洒，直至覆土时为止。3、搞好菇房清洁卫生。菇房使用前要彻底消毒。生产结束后，及时清除废料，床架及用具要浸泡，洗刷晒干，并用1%碳酸钠加2%五氯酚钠混合液涂刷，后再用5%甲醛溶液喷洒菇房墙壁、地面及菇床，或用硫磺进行熏蒸。
三、平菇厉眼蕈蚊：属双翅目眼蕈蚊科。是为害平菇最普遍最严重的1种害虫。以幼虫为害平菇的菌丝体和子实体。严重时可将菌丝吃光。为害子实体时将菌柄蛀成空洞，将菌褶吃光。
防治措施：1. 搞好环境卫生，减少虫源。安装纱门、纱窗，防虫入内。2. 利用成虫趋光性，灯光诱杀。3. 严重时，于采菇后用1.8%爱福丁乳油2000~2500倍液，或90%敌百虫1000倍液喷雾。
四、害螨：俗称菌虱。主要为害蘑菇、草菇、平菇、凤尾菇、银耳、黑木耳等多种食用菌。害螨咬断菌丝使不能萌发，也能咬啮小菇蕾及成熟子实体。发生严重时，可将培养料内的菌丝全部食光，造成绝收。
防治措施：1. 把好菌种质量关。保证菌种不带害螨。2. 使菇房与粮食、饲料、肥料仓库保持一定距离。3. 培养料2次发酵。4. 用敌杀死加石灰粉混合后装在纱袋中，抖散在菇床四周，或用1.8%爱福丁乳油2000倍液喷洒菇床四周。5. 诱杀。将沾有40%~50%敌敌畏的棉团放在菇床下，每隔67~83厘米处放置3团，呈品字形排列，并在菇床培养料上盖1张塑料薄膜或湿纱布。当螨虫集满其上后，取下放在热水烫。
