侵害双孢蘑菇的虫害主要有螨类、菇蝇、跳虫、蛞蝓（鼻涕虫）及线虫，这些虫害主要是由于菇棚、培养料覆土消毒杀虫不彻底和栽培管理过程中外界带入引起的。在防治过程中可根据害虫的特点和习性采取适当的生物防治和药物防治方法来防治。
一、蕈蚊（又名菌蛆）。形态特征与发生规律：成虫体形小，如米粒大，繁殖力强，一年发生数代，产卵后3天便可孵化成幼虫。幼虫似蝇蛆，比成虫长，全身白色或米黄色，仅头部黑色。专在菇体内啃食菌肉，穿成孔道，自菌柄向上蛀食，直至菌盖。受害菌不能继续发育，采下的菇在削根时，断面有许多小孔，丧失了商品价值。成虫一般不咬食菌肉，但它是褐斑病、细菌性斑点病和螨类的传播媒介。覃蚊主要来自培养料。
防治措施：
1、搞好菇房环境卫生。
2、培养料进行2次发酵，消毒杀虫。
3、灯光诱杀、粘胶剂粘杀，或涂料毒杀。
二、菇蚊（又叫眼菌蚊）。形态特征与发生规律：成虫黑褐色，体长1.8～3.2毫米，具有典型的细长触角、背板及腹板，色较深，有趋光性，常富集不洁处，在菇床表面爬行很快。幼虫白色，近透明，头黑色，发亮。浇水后，幼虫多在表面爬行；当菇床表面干燥时，便潜入较湿部分为害菌丝、原基或菇蕾。严重发生时，菇蚊可将菌丝全部吃完，或将子实体蛀成海绵状。茄菇蚊，喜在未播种的堆肥中产卵，在播种后菌丝尚未长满培养料前孵化成幼虫，虫体长大时正是第一潮菇发生期，于是钻入菇柄和菌盖为害。金翅菇蚊，为害小蘑菇，使之变成褐色革质状，在其爬过的床面留下闪光的黏液痕迹，虫口密度大的地方，幼菇发育受阻。为害蘑菇的菇蚊有12种以上，其中茄菇蚊和金翅菇蚊发生较普遍。
防治措施：
1、搞好菇房环境卫生。
2、菇房通气孔及人口装修纱门。
3、黑光灯诱杀，或在菇房灯光下放半脸盆0.1%的敌敌畏杀虫。
三、菇蝇。形态特征与发生规律：成虫淡褐色或黑色，触角很短，比菇蚊健壮，善爬行，常在培养料表面迅速爬动。虫卵产在培养料内的蘑菇菌丝索上。幼虫为白色小蛆，头尖尾钝，吃菌丝，造成蘑菇减产。菇蝇可传播轮枝孢霉，使褐斑病蔓延。
防治措施：
1、黑光灯诱杀。将20瓦灯管横向装在菇架顶层上方60㎝处，在灯管正下方35㎝处放一个收集盆（盘），内盛适量的0.1%的敌敌畏药液，可诱杀多种蝇、蚊类害
2、刚播种后，或距离出菇1周左右，发现虫害，用布条蘸药剂挂在菇床上驱赶。
四、膺蚊（又叫菇膺）。为害食用菌的常见种类有：嗜菇膺蚊、斯氏膺蚊、巴氏膺蚊。形态特征与发生规律：膺蚊成虫小蝇状，体长约1.1毫米，翅展约1.8～2.3毫米，头胸部黑色，腹部和足桶红色。初孵幼虫为白色纺锤形小蛆，老熟幼虫米黄色或橘红色，体长约2.9毫米。有性生殖每代约需30天左右。膺蚊的幼虫常进行胎生幼虫（无性繁殖）。因此膺蚊繁殖快，虫口密度高，幼虫直接为害蘑菇的子实体。膺蚊侵入蘑菇房后，幼虫在培养料和覆土间繁殖为害，使菌丝衰退，菇蕾枯死，或钻至菌柄、菌盖、菌褶等处，使蘑菇带虫、品质下降。
防治措施：
1、筛选抗虫性强的菌株投入生产上栽培。
2、发生虫害时，停止喷水，使床面干燥，使幼虫停止生殖，直至于死幼虫。
3、将堆肥进行2次发酵，以杀灭幼虫。
4、床架及用具用2%的五氯酚钠药液浸泡。
五、菌螨。形态特征与发生规律：菌螨也称菌虱，其躯体微小，肉眼不易察觉，可用放大镜观察。体扁平，椭圆形，白色或黄白色，上有多根刚毛，成虫4对肢，行动缓慢，多在培养料或菇类菌褶上产卵。菇床上发生菌螨后，菌种块菌丝首先被咬，所以播种后常不见菌丝萌发。有时咬断菌丝，引起菇蕾萎缩死亡。在被害子实体上，可以看到子实体上上下下全被菌虱覆盖，被咬部位变色，重则出现孔洞。
防治措施：
1、菌种厂远离仓库和鸡舍。
2、严格挑选菌种，消除有菌虱的菌种。
3、播种后7天左右，将有色塑料膜盖在床面上几分钟，然后用放大镜检查贴近培养料的一面，一旦发现菌虱，立即用药杀虫。
4、用棉球蘸上40%～50%的敌敌畏液，将湿棉球放在床架底层，并用塑料膜或报纸覆床面，熏蒸杀虫。
5、用25%的十二烷基苯磺酸钠（洗衣粉）400倍液喷雾，连续喷洒2～3次，效果较好。
综合防治
双孢菇生长发育所需的环境条件，也极适合于各种病虫杂菌的擎生。加之蘑菇生长的特点又不适宜用药剂防治。因此，在双孢菇栽培中，病虫害防治应采取以防为主的综合防治措施。
一、搞好环境卫生，彻底清除菇棚内外病虫源。
二、培养料、覆土消毒杀虫要彻底，防止害虫杂菌带人菇棚。
三、用具和床架要彻底消毒，管理人员衣物要常换洗消毒，在管理过程中要有无菌操作概念。
四、菌种挑选要严格，凡是有虫害和病害的菌种一律不能使用，并及时销毁。
五、采收结束后要及时彻底消毒，可有效预防下茬连作危害。
六、创造有利于蘑菇生长而不利于病原菌和害虫繁殖的环境条件。
七、病虫害一旦发生后，及时清除病菇和死菇，并选用适当药物防治，以防扩大蔓延。
