在一个栽培周期结束后新一轮栽培生产前要对菇房进行消毒，蘑菇生产过程中，菇房消毒的目的是杀灭菇房内及潜伏在床架、板缝里的杂菌和害虫，保证蘑菇生产过程中免受有害生物的危害。特别是已经栽培两年以上的老菇房，菇房消毒对于蘑菇生产就显得尤为重要。应用科学的消毒方法，杀死栽培环境中的杂菌和害虫，降低生产过程中的杂菌污染和病虫危害，对提高产品品质和产量具有极大的现实意义。
一、撤料消毒
在春菇结束后，应及时将培养料运至远离菇房的地方沤制做肥料，以免潜伏在料内的杂菌和害虫重新传播，影响下一季栽培生产。出料结束后，应将床架材料（竹木部分）拆下在水中清洗晒干以彻底清除所吸附的废气、分泌物、杂菌和虫卵，再用6%的碱水或3%的氢氧化钠溶液进行喷洒消毒；不能拆下的部分用清水冲洗、刷净，菇房内要全面清扫干净，将地面 3厘米 左右的一层老土铲出，撒上石灰，重新填上新土，平整打实，床架重新搭好后要充分通风干燥，并用石灰水或6%的食碱水喷于菇房墙壁进行消毒。
二、熏蒸消毒
1、硫磺熏蒸。每立方米用硫磺15克，先将菇房密封好，把硫磺放入耐热的容器中加入一些木屑点燃，利用产生的二氧化硫气体，密闭消毒48小时，杀死病菌和害虫。
2、甲醛、高锰酸钾熏蒸。每立方米用甲醛10毫升、高锰酸钾4克，先将菇房密封好，取一只罐头瓶，把甲醛倒入瓶内，加再入高锰酸钾，人迅速离开，密闭消毒48小时。甲醛杀菌能力较强，但杀虫效果较差。
3、硫磺、甲醛、敌敌畏熏蒸。每立方米用硫磺10—12克，甲醛8—10毫升和敌敌畏1—2毫升，先将菇房密封好，取一只旧铁锅分别将硫磺、甲醛、敌敌畏倒入锅内，再加入适量木屑与药剂拌和，用火点燃后人立即离开，关门密闭48小时，对杂菌、害虫、害螨均具有较强的杀伤力。
熏蒸消毒时应注意以下几点：1、熏蒸时菇房要密闭不透气，密闭消毒时间要达24小时以上；2、熏蒸消毒应选择在气温较高时（20℃以上）进行，可提高杀虫灭菌效果；3、提前一天先在墙壁、地面和床架上喷水预湿，24小时后再进行熏蒸消毒，可提高效果；4、菇房面积较大时，应选择多点放药，避免出现死角；5、注意安全，消毒后开门窗排出剩余毒气，在菇房内嗅不出有毒气味时，方可进入菇房操作。
三、室外消毒
室外要经常打扫，做到无垃圾堆放，无污水积聚，室外可经常撒石灰，也可用5%的甲酚皂溶液或0.25%的新洁尔灭溶液喷洒消毒。
