一、可作为培养料二次利用
以平菇废料栽培草菇为例，平菇以利用纤维材料中的木质素和半纤维素为主，很少消耗纤维素。因此，在平菇菌床废料中，纤维素的含量相对地较高，正好满足草菇的营养要求。其方法如下：栽培平菇的培养料在采完菇后将其菌块打碎，晒干保藏。堆制草菇料时，在100公斤废料中加新棉籽壳20公斤，干牛粪20-30公斤、尿素0.5公斤、石膏粉1.5-2公斤、过磷酸钙1公斤，按常规法堆制，堆制时间可缩短2-3天，翻堆减少1次，出菇提前2-3天，与粪草堆肥的产量大致相同。
二、可作沼气池的原料
用棉籽壳、稻草、锯末作培养料栽培食用菌，其残渣经菌丝分解，更易被沼气发酵微生物利用，可加速沼气发酵微生物对它的分解，提早产气，产气率更高。
三、可作菌糠饲料
食用菌具有较强的分解能力，利用秸杆作培养料栽培的食用菌废料中，粗纤维降解50％，木质素降解30％，因废料中含有大量的菌体蛋白，所以粗蛋白的含量由原来的2％增加到6％-7％，脂肪的含量也增加1倍左右。经过菌丝的分解作用，秸杆材料表面的角质层和硅细胞组织以及纤维的结晶结构均遭受破坏，呈疏松多孔状，降低了机械强度，易于粉碎，气味芳香，适口性好，提高了营养价值。用来饲养猪、牛等牲畜，比米糠更好，可以达到玉米的饲用效果。菌糠饲料可以直接喂猪、牛，也可以放在青饲料打浆机中打成浆，再掺入其它饲料；也可不加工直接与其它饲料混合。
四、可作有机肥料
培养料残渣所含养分有菌丝不能直接利用的成分，菌丝的代谢产物和菌丝体分解后的菌蛋白等。据分析，每吨残渣约含氮10公斤，磷1公斤，钾10公斤，且碳氮比值小，养分处于速效状态，易被作物吸收利用。每亩施入培养料残渣3000-4000公斤，可使玉米增产10％以上，小麦、大豆增产30％左右。在农田施用培养料残渣，不但可提高土壤肥力，还有助于改善土壤理化性状，促进土壤团粒结构的形成，增强土壤持水力和通透性。代谢产物中的有机酸类等物质还能刺激根际固氮微生物的生长，有些代谢产物则对有害微生物的生长有抑制作用，是一种很理想的“菌肥”。
