引起接种箱污染的原因，要防止污染，在实际工作中，一是要在接种箱使用时，尽量降低接种箱内的湿度。要避免培养基、菌料或酒精棉球等直接落入箱内，如不谨掉入箱则应尽快清理；
要避免接种箱内外出现温差而引起受潮，具体应做到：
（1）料袋或料瓶灭菌后应充分冷却再进入接种箱内进行消毒处理，以免引起接种箱内温度过高；
（2）消毒剂的用量要严格按照规定使用。目前常见的消毒剂如气雾消毒剂、福尔马林等，在使用时都是利用这些物质发生氧化反应来产生烟雾或蒸汽，从而达到对空气消毒的目的。我们知道，氧化反应往往会产生大量的热量，因此，在保证消毒效果的前提下，消毒剂的使用不宜过量；
（3）提高接种速度，控制好接种时间。接种速度慢、时间长，不仅工作效率低、生产周期长，而且酒精灯长时间燃烧会产生大量的热量，使箱内温度过高。此外，接种时间长，也会延长培养基、菌种等在空气中暴露的时间，这样会增加杂菌污染的机会。二是在接种箱长期闲置不用时，应将接种箱箱盖、袖套口及时打开，以利通风排湿。实际上，在生产上要完全避免接种箱受潮往往是很难做到的，但问题的关键是当生产季节结束以后，就应及时进行通风降湿，并将接种箱放置在通风干燥的地方。
如果接种箱已经出现了霉菌污染，那么又如何处理呢？在实际工作中，有些生产者对这个问题往往重视不够，或者根本就没有意识到这个问题，在使用接种箱时仍按照常规的方法进行消毒处理（殊不知在消毒剂的使用浓度和消毒时间不延长的情况下，消毒剂的消毒效果与空气中的杂菌的数量是密切相关的），结果往往就会"不明"原因的大规模污染。接种箱出现霉菌污染以后，实现要用酒精棉球或蘸有福尔马林的棉球擦拭肉眼可见的霉菌，然后，再用福尔马林进行熏蒸或用气雾消毒剂消毒，这样连续处理2次-3次以后才能使用。
接种操作引起的污染
接种在食用菌制种和栽培上是非常重要的环节，对控制好杂菌污染至关重要。接种时要求生产者应严格掌握微生物无菌操作规程，概括起来，主要有以下几点：
各种接种工具和用品等应随同料袋、料瓶、菌种等一并进行消毒处理，应当尽量避免在操作过程中向箱内传递物品。
进箱操作前，在箱外用清水洗净双手，进箱后再用酒精棉球擦拭双手和接种工具，并对接种工具用火焰灼烧灭菌，在接种过程中还要定期用火焰灭菌。
对于试管种的扩大培养，试管应平持，试管口不能朝上，同时试管口也不要离开酒精灯火焰，这样才能达到火焰"封口"的目的。
接种操作要做到"轻、快、准"。"轻"是指接种时动作幅度不要太大，以减少空气波动；"快"是指动作操作要快，避免菌种和培养基在空气中暴露时间过长；"准"指的是接种动作要准确到位，接种工具、菌种块等不要到处乱撞、乱放。
接种操作完毕，及时移走物品，并将箱内收拾干净。
