食用菌的育种方法主要有诱变育种、杂交育种、现代生物技术育种。
（1）诱变育种 诱变育种是利用物理或化学因素处理细胞群体，促使其中少数细胞的遗传物质的分子结构发生变化，从而引起其遗传变异，然后从群体中选出少数具有优良性状的菌株。
诱变育种的一般步骤为：菌株→制备孢子悬液（活菌计数）→诱变处理（活菌计数并求出成活率）→涂布培养皿（观察形态变异的菌落并计算突变率）→排菌移植（初筛）→斜面传代（复筛）→试验、示范、推广。
（2）杂交育种 杂交育种是一种遗传物质的细胞水平上的重组过程。由于食用菌能产生有性孢子、因此原则上都可以像高等植物那样，通过有性杂交进行育种，从而获得综合双亲优良性状的新品种。
杂交育种的一般步骤为：亲本菌株→分离单孢（用单孢分离器或平板稀释等方法获得单孢）→配对杂交（将各单个担孢子萌发生成的单核菌丝在平板上分别两两配对）→杂种鉴定（通过标记、回交等方法鉴别杂种）→初筛（通过小型栽培试验淘汰多数表现一般的菌株）→复筛→扩大试验→示范、推广。
（3）现代生物技术育种
① 基因工程：基因工程即基因水平上的遗传工程。它是用人工方法把人们所需要的某一供体生物的遗传物质——DNA大分子提取出来，在离体条件下进行切割后，把它和作为载体的DNA分子连接起来，然后导入某一受体细胞中，让外来的遗传物质在被导入的细胞内进行正常的复制和表达，从而获得符合人们预先设计的工程蓝图要求的新的品种或物种。
基因工程的主要步骤：准备施工材料→体外重组→载体传递→复制表达。在育种过程中，只有通过仔细检查，从大量个体中筛选出具有理想性状的个体后，才能加以繁殖和利用。
② 细胞质体融合：细胞质体融合是目前细胞工程中应用最广的一项技术。其操作步骤为：用适宜的酶处理细胞，使细胞壁解体，从而获得大量无细胞壁的原生质体；通过化学、物理方法的诱导，使两个不同种的原生质体融合成为异核体，异核体内不同细胞核进一步融合成为共核体，共核体产生再生细胞壁后即成为杂种细胞。
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