细菌属于原核生物，比真菌小很多很多，一般长1 ~ 3μm，宽0.5 ~0.8 μm，肉眼不可见，在高倍显微镜下可观察到各种不同样子的细菌，球形的、杆状的、螺旋状的等等。
细菌在环境中无处不在，在我们身体、皮肤以及口腔、肠道内也大量存在；当然，土壤环境中也存在着数不胜数的细菌种类和数量，它们参与稻草、秸秆等农作物废弃物以及各种动物昆虫尸体的分解，将大分子物质降解成小分子简单化合物后再被真菌、植物等利用，在生物质循环过程中扮演着分解者角色，起着关键性作用，如果没有细菌的存在，世界上的植物落叶、动物尸体将堆积如山长期存在。
但羊肚菌的从业者可不喜欢细菌。细菌可在整个羊肚菌生产环节影响羊肚菌的生产，菌种制备过程中遭遇细菌污染也是常有的事情。而出菇环节的细菌病害则尤为明显和残酷，将造成严重的直接损失。下面就先谈谈细菌对羊肚菌子囊果的侵袭现象及防控办法。
栽培生产中，羊肚菌细菌性危害主要是对子囊果的侵袭，特别是遭遇高温高湿天气时，容易从羊肚菌子囊果的菌柄部位开始侵袭，被昆虫嚼食过的受伤部位也是细菌容易发生的地方。
由细菌引起的羊肚菌病害常可在子囊果菌柄或菌盖表面形成脓状粘液，以菌柄特别是菌柄与土壤交接的地方发生细菌性侵染的概率最大；羊肚菌细菌性病害的发生可与害虫咬食、钻蛀等有关，形成交叉侵害和易感部位。
羊肚菌细菌病害最明显特征是：受感染的菇子往往会产生一股难闻的腥臭味。整体表现为子囊果或发病部位萎焉、菌柄发红、停止发育、菇体变软、腥臭等。手摸过的病害菇子，酸臭味久久不散。
防控办法：
目前未有任何关于羊肚菌细菌性病害的研究报道，因此短时间内很难有针对性的药物出现。根据细菌性病害的发生规律和传播特性，可在预防和防控上努力控制细菌性病害的发生。
首先是土壤环境的预处理，土壤是一个复杂的微生物环境，不可能做到绝对的洁净，但通过土地轮作、杂物清理、污染物清理、石灰预处理、暴晒等途径，可将土壤中的可能有害微生物基数降低到不发病或无害状态。同时，避免向羊肚菌田间释放农家肥、过多的腐殖质有机质等。
其次，规避高温高湿的不良环境，特别是蔬菜塑料大棚内种植羊肚菌，在阳光暴晒下，棚内的温度可急速升高，如再遇到棚内湿度过大情况，极容易造成细菌性病害的爆发。可通过通风降温，控制棚内的空气温度。给羊肚菌营造适宜于羊肚菌健康生长的环境，发生冻害、高温、高湿、虫害等造成羊肚菌菇体不健康的状态下极易发生细菌性病害，很多细菌性病害的发生是先由菇体死亡，之后细菌再侵袭上来的。因此，需及时处理各种虫害和营造合适环境，如小拱棚的保温防冻，合理安排浇水时间，除虫、通风降温等。
当发生细菌性病害时，用生石灰将发生区域覆盖或圈住，避免病原物向周围蔓延。
