在食用菌产业化大生产这个链条中，食用菌的保鲜加工是一重要组织环扣，既是生产、流通、消费中不可缺的环节，又是为食用菌产业化提供扩大再生产和增加效益的基础。传统的鲜菇销售，一般以竹制或塑料周转箱作为容器，采收的鲜菇直接入箱后即进入市场，子实体在箱内积压，碰撞等，使得其商品质量大打折扣，并且直接暴露于阳光下或大气中，既被动接受污染，又不利保鲜，消费者亦有买不到鲜活水灵蘑菇的反映，此其一。其二，随着经济的发展和人们生活节奏的加快，相当一部分消费者没有时间也没有心情去拥挤的农贸市场选购蘑菇，而是希望有方便、干净、小包装的产品，回家稍加烹调即可，于是，超市销售应运而生。据了解，南方各大城市的超市销售小包装鲜菇已有数年历史，市场效果颇佳，目前，北方的超市亦有所行动，可见这是一个发展趋势。
基本程序为：鲜菇采收→低温整理→降温包装→装箱运输→进入超市。
鲜菇一经采收，须整齐排放在小型矮装容器内，并尽快送往低温车间进行整理。容器体积为长×宽×高=(40×28×16)厘米，其形状如周转箱，底部实板，四周预设直径约2-3厘米左右圆孔，底下四角均有内缩插接角块，以便于码高多层。鲜菇采收时顺头排放，不使头尾相接，以免造成污染；低温车间内温度为1-3℃，可将普通恒温冷库改造后利用，连同其他包装容器均存放于车间内，以使彻底降温。鲜菇成箱搬入车间后分开摆放，不得再码高多层，以便于菇体充分降温，该环节对于气温高于15℃时采收的鲜菇尤为重要。整理的工具为：薄片不锈钢刀或竹片刀，以及小包装封口、打箱等设备。
先用小刀将鲜菇基部削净，去掉一切泥土，基料等杂物，鳞片多时应一并除去，一般不用水洗，否则缩短产品货架寿命。随即将干净的鲜菇进行分级后，排放于铺有泡沫软衬的容器内，待充分降温后包装。
降温包装：待菇体内部降温至3℃以下时，即可分装。一般可用泡沫质地的饭盒样式，制作为高约5厘米左右单盒，每盒约装鲜菇150克左右，有的大城市已禁销塑料包装，可定制纸质盒。也可根据鲜菇品种确定包装盒的规格，如鸡腿菇一般适宜(长×宽×高，下同)16厘米×10厘米×4厘米规格的包装，姬松茸则适宜15×10×6规格，真姬菇、杨树菇等则适宜16×8×4规格。并根据鲜菇形态及规格大小确定排放方式。然后封包保鲜膜。将小包装盒再装入泡沫保鲜箱内，每箱可装36盒，透明胶带封口即成。装箱运输：根据运输距离及运输工具等，即可直接运输保鲜箱，亦可装入集装箱发运。由于保鲜箱保温效果极好，箱内盒式包装又经低温处理。故在5-12小时内不会因升温而使鲜菇降质：其中鸡腿菇及草菇等保鲜难度最大，但在5小时内亦不会出现降质量问题。
进入超市：进入超市后，应将小包装放入低温展示柜中进行销售。一般售架寿命可达2-10天。
另外，短期贮存和运输时还可使用冰快降温保鲜或冷藏车运输等方法，一般菇类控制冷藏温度1-3℃，经长途运输后，菇体保持原有色泽及形态不变，效果较好。
