菌种是食用菌生产的基础，只有优良的菌种才可能有好的收成。菌种一般分为母种、原种或栽培种3级。 无论制作哪一级菌种，关键应强调无菌观念，严格按照无菌技术要求进行操作。
一、母种、原种、栽培种的制作过程
1.母种：
母种也就是一级菌种，它的制作大致经过以下几个过程：培养基配制--→培养基灭菌--→子实体分离或菇木分离或孢子分离--→培养--→转管纯化培养--→母种。
①母种培养基配制。应根据不同食用菌的不同营养需要配制不同的培养基。常用的配方有：配方1：土豆葡萄糖琼脂培养基（简称pda培养基）：土豆（即马铃薯）200g、葡萄糖20g、琼脂（凝固剂）20g：配方2：土豆蔗糖琼脂培养基（psa培养基）：土豆200g、琼脂20g、水1000ml、蔗糖20g；配方3：土豆胡萝卜琼脂培养基（pca培养基） ：土豆20g、胡萝卜25g、琼脂20g、水1000ml：配方4：土豆琼脂培养基（pa培养基）：土豆250--00g、琼脂20g、水1000ml。
②母种分离。即通常将食用菌的子实体、土壤中的菌根、菌素分离或进行菇木分离或担孢子分离，然后在培养基上培养，得到母种。
③母种扩大培养。用上述方法得到的母种数量有限，往往不能满足生产上的需要，因而需要通过接种来扩繁一批母种供生产用。
2.原种：
原种也叫二级菌种，是由母种接种到瓶子或塑料袋里，经培养后得到的菌种。制作原种的目的，一是为了扩大种量，满足生产上的需要；二是让菌丝对各种秸秆类物质具有适应能力，并在适应的同时产生各种酶类；三是在培养过程中还可以对菌种的生命力、纯度等进行检验，存优弃劣。通过接种，一支母种可扩接3--5瓶原种。现简要介绍几种原种培养基配方：
①锯末培养基：锯末（阔叶树） 78％、米糖（或麦麸）20％、糖（红糖或白糖，下同）1％、石膏粉1％，水适量；
②棉子壳培养基：棉子壳78％、麦麸或米糠20％、石膏粉1％、糖1％，水适量；
③锯末玉米粉培养基；锯末（阔叶树） 90％、玉米粉8％、糖1％、石膏粉1％，水适量；
④稻草段培养基：稻草段78％、米糠或麸皮20％、石膏粉1％、糖1％；
⑤锯末、棉子壳混合培养基：锯末40％、棉子壳40％、麦麸18％、石膏粉1％、糖1％，水适量；
⑥酒糟培养基：干酒糟40％、棉子壳（或锯末）40％、麦麸18％、石灰1％、糖1％，水适量。
3.栽培种：
栽培种是直接用于生产栽培的菌种，也叫三级菌种或生产种。栽培种比原种的需要量更大，所用的培养基配方和制作方法与原种相同，将发满瓶的原种，接种到栽培种瓶子或薄膜袋里即可得到栽培种。一般每瓶原种可扩接60--100瓶栽培种。
二、菌种生产所需的条件
1.无菌室：
无菌室一般不宜过大，4--6平方米即可。与无菌室相连还应有一个1--2平方米的缓冲室相配套。可用药品或紫外灯对其杀菌消毒。
2.无菌箱：
也叫接种箱。 大小和规格依具体条件而定，有单人式、双人式、4人式等。一般双人操作式较为普遍。农村专业户可以制作一个单人操作式。
3.接种工具；
常用的接种工具有酒精灯、接种器等。接种器包括接种铲、接种勺、接种钩等。
4.药品：
①酒精。除供酒精灯燃烧用外，主要用于手、接种器的消毒。
②甲醛。一般配成37％的溶液即福尔马林用于接种箱的消毒。
③石碳酸，也叫苯酚，常用5％的水溶液进行接种箱和无菌室的喷雾消毒，或配成0.5％--1％的溶液，用于洗涮器皿、桌面和工作服，以达到消毒目的。
④漂白粉。常用10g漂白粉加水140ml，静止1--2小时后取上清液，用喷雾消毒无菌室。
⑤新洁尔灭。 常用0.25％浓度溶液进行皮肤和不能以高压灭菌的器具的消毒，也可用于接种箱和无菌室的喷雾消毒。
三、消毒与灭菌
因为自然界里到处有微生物的存在，如空气、所有原料、水以及一切用具和器具的表面，这些微生物对食用菌菌种而言，都属于有害菌，即通常所说的杂菌。我们制作的菌种，要求绝对不能染上杂菌，所以必须进行严格灭菌。
1.加热灭菌法：
近年来普遍使用的一种方法是常压一次灭菌法，所需设备简单、投资少、成本低，适合我国农村使用。此法只要砌一个锅灶，买一口大锅，做几个蒸笼就可以了。把待杀菌的物品放入蒸笼里，从上气开始，保持蒸煮6--8小时，即可达到灭菌的目的。
2.紫外线灭菌法：
开紫外灯30--40分钟，基本上可达杀菌目的，距照射物的距离以不超过1.2m为宜。注意紫外线对人体有伤害作用，所以不能用眼睛直视开着的紫外线灯，也不能开着灯工作。
