保证食用菌菌种的贮藏质量可有效保持其优良种性，延长优良品种使用的年限。因此，它与新品种的选育具有同等的重要性，是食用菌生产中的一项必不可少的重要环节。但正规、严格的贮藏方法需要一些设备，对操作技术也有很高要求，对许多的菇农来说，一些简单的土办法更可行，更有推广价值。
1.井底低温贮藏。是利用井底具恒温且温度低的原理进行菌种贮藏的方法，适用于不具备保鲜冰箱的菇农。将要保藏的试管母种，用无菌橡皮塞蘸石蜡封口，装入密闭的广口瓶或塑料袋中扎紧，沉人井底贮藏，可贮藏2～5个月。
2.石蜡封口贮藏。把蜡纸裁成6～8厘米见方，放入75%酒精中浸泡1分钟。将已培养好试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中.将蜡纸完全浸入为止，使蜡纸紧紧封包在管壁上，绝不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。
用石蜡封口后的菌种能有效保持培养基水分，提高管内二氧化碳浓度，避免杂菌污染，转管后菌丝恢复生长快。在室温条件下贮藏6个月，培养基还未见干缩，菌丝仍有较强生命力；在0～4℃条件下保存12个月后菌丝体外观正常，无老化现象，转管成活率高。
3.玻璃纸封口贮藏。用明胶15克（粘合剂）、硫酸铜2克、美蓝1～2滴（指示剂），溶于100毫升热水中，配制成封口剂。将新长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95%酒精浸泡过的玻璃纸（赛珞璐），再用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可贮存8个月，并能防止霉菌或螨的侵染。在斜面注入无菌矿油（液体石蜡），可大大延长贮藏时间。
4.厩肥贮藏。此法适合贮藏双孢菇等草腐菌类。将腐熟牛粪等堆肥晒干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔径筛过筛，加1000毫升水调湿，装入试管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕压力下灭菌2小时。确认无菌后接种，菌丝长满后，放在3℃冰箱内贮藏，每隔2年移植一次。在长期贮藏中，如培养基失水，应将贮藏菌种及时接种在琼脂斜面上进行活化，再继续贮存。此法连续贮藏4年后，其生产性状未出现明显变化。
5.麸皮贮藏法。称取一定量的麸皮加水或营养液后拌匀即可使用。水、麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放入干燥室在室温下进行干燥。干燥后放在20℃以下干燥处贮藏，可贮藏3～5年时间。
6.生理盐水贮藏法。将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5～10次，培养5～7天，然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4～5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好口，置低温下，可贮藏1年。
7.麦粒贮藏法。取优质小麦，淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍加晾干，装管，装入量为管长的1/4到1/3为宜，灭菌，趁热播散，冷却后接人菌丝体，适温培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。置于25℃以下干燥处，可贮藏1～2年。
